Из дворянской семьи. Отец — Иван Михайлович, мать — Екатерина Ивановна (урожденная Фатеева). Отчим — генерал Б. И. Виннер — был основателем и владельцем порохового и динамитного заводов в Санкт-Петербурге. До Октябрьской революции 1917 года дела Виннера шли успешно, семья располагала большими средствами и могла себе позволить иметь большой собственный дом на Пантелеймоновской улице в Петербурге, а летом жить в Крыму, в имении Артек у подножия горы Аю-Даг.
Окончив естественное отделение физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета, Метпальников для подготовки к профессорскому званию проходил стажировку в университете Гейдельберга у протозоолога Отто Бючли (1897), на Неаполитанской зоологической станции у А. Дорна и А. О. Ковалевского (1897—1899), в отделе И. И. Мечникова в Институте Пастера в Париже (1899—1902). Затем, после защиты магистерской диссертации, Метпльников начал работу в Институте экспериментальной медицины. Первые его научные интересы связаны с изучением внутриклеточного пищеварения у низших животных (морских ежей, аскарид, инфузорий). Под влиянием работ И. И. Мечникова Метальников увлекся иммунологией и принял участие в изучении так называемого цитотоксического иммунитета в отделе Мечникова. Так, инъецируя сперматозоиды морских свинок кроликам, он смог получить в 1899—1900 годах активную сперматотоксическую сыворотку, которая, будучи инокулированной той же морской свинке, вызвала атрофию ее тестикул. Этот эксперимент стал историческим в иммунологии — он помог расшифровать механизм феномена некоторых форм мужской стерильности и продемонстрировать возможность участия в этом процессе собственных (то есть ауто-) антител. В 1902 году вместе с А. А. Кулябко Метпльников выделил антитела, разрушающие сердечную мышцу (кардиотоксические антитела).
Перу Метальникова принадлежат обзоры результатов исследования по цитотоксическому иммунитету, проводимых в разных лабораториях мира, прежде всего в отделе И. И. Мечникова в Париже. В свою очередь, И. И. Мечников поддержал сравнительно-эволюционные исследования Метпльникова по изучению клеточного иммунитета у низших животных. Мечниковская идея о том, что иммунитет к туберкулезу у личинки пчелиной моли (Galeria mellonella) возможно обусловлен способностью насекомого каким-то образом переваривать воскообразные оболочки туберкулезных бацилл, легла в основу большого цикла исследований М. Он экспериментально доказал, что туберкулезные бациллы, введенные в организм личинки пчелиной моли, заглатываются ее фагоцитами и гигантскими клетками и быстро разрушаются с помощью фермента — липазы. На основе этих частных данных Метальников сделал общий вывод о том, что любые способы, приводящие к повышению активности липазы животных и человека (например, жировое откармливание заболевших животных), служат эффектным терапевтическим средством в борьбе с туберкулёзом.
С 1907 года С. И. Метальников — профессор зоологии на естественном факультете Петербургских высших женских курсов при Биологической лаборатории П. Ф. Лесгафта. После смерти этого выдающегося ученого (1909) Метальников был назначен директором Биологической лаборатории имени П. Ф. Лесгафта. За эти годы в ряде изданий он опубликовал статьи об иммунитете беспозвоночных животных: «Известиях Санкт-Петербургской биологической лаборатории» (после 1917 — «Известия Института имени П. Ф. Лесгафта»), в «Архиве биологических наук», а также в журнале «Природа», ответственным редактором которого он являлся со времени его основания (1915). Еще в студенческие годы началось увлечение Метальникова философией, когда он вместе с университетскими друзьями — Н. О. Лосским, В. Коренчевским и другими, организовал философский кружок, который собирался в доме Метальникова. Увлечение философией нашло отражение во многих естественнонаучных трудах М.
В 1910—1915 годах осуществил попытку переноса «павловского» учения об условных рефлексах в иммунологию.
В 1918 году Советское правительство приняло Биологическую лабораторию имени Лесгафта на государственный бюджет, и она была переименована в Научный институт имени Лесгафта. Директором был избран Н. А. Морозов, так как Метальников, поехавший на организацию Крымского университета в Симферополе, был отрезан в Крыму от Советской России фронтом гражданской войны. Он не смог вернуться в Петроград ни в 1919, ни в 1920 годах. Известно лишь, что в 1919 он получил приглашение на работу от директора знаменитого Института Пастера в Париже Эмиля Ру.
Работа Метальникова в Институте Пастера была плодотворной. В 1926 году вместе с русским зоологом — эмигрантом В. А. Шориным, провел эксперимент, вошедший в историю иммунологии: они получили доказательства роли условных раздражителей в формировании вторичного иммунного ответа без всякого участия антигена. В своих работах М. тесно связывал возникновение болезней и устойчивость к инфекции с психической и ментальной активностью. Идеи М. близко примыкают к направлению, стремительно возникшему в иммунологии в начале 80-х годов XX века — психонейроиммунологии. Кроме того, Метальников продолжал свои исследования иммунитета у низших животных. Ему принадлежит открытие «нервного центра иммунитета» у низших животных (1937), который запускает, ингибирует и стимулирует иммунные реакции. Большую известность Метальникову принесли его опыты по бессмертию клетки, послужившие основой его знаменитой книги «Проблема бессмертия и омоложения в современной биологии» (1924). Изучая феномен старения организма он, пришел к выводу, что в том виде в каком старость переживается людьми, природа его не программирует, и что он вызван случайными внешними условиями, на которые сам человек может воздействовать, изменяя или устраняя их.
Метальникову также принадлежит разработка программы ведения бактериальных методов борьбы с вредными насекомыми. По его мнению, эти методы обладают большими преимуществами, чем химические воздействия, не безопасные для человека. Эффективность разработанных им методов была продемонстрирована на зараженных виноградниках, фруктовых деревьях, хлопке.
При жизни Метальников опубликовал более 250 научных работ на русском и западноевропейских языках. Он принимал активное участие в работе русских эмигрантских организаций. На 1-м Съезде Русского национального объединения (Париж, июнь 1921) — входил в состав Избирательной комиссии съезда вместе с И. А. Буниным, князьями Долгоруковыми, И. С. Васильчиковым, Г. Н. Трубецким, В. Д. Набоковым, М. И. Ростовцевым[неоднозначная ссылка], А. И. Куприным. На 1-м Съезде Русских академических организаций (Прага, октябрь 1921) Метальников представлял Русскую академическую группу Франции и был избран председателем Комиссии по вопросам о положении науки и ученых в России. В 1922—1923 годах — товарищ председателя правления Русского народного университета, игравшего большую социокультурную роль в жизни эмиграции. В университете он читал лекции по биологии и медицине. Имя Метальникова встречалось в программе общедоступных курсов медицинских знаний, которые были организованы Обществом русских врачей имени Мечникова в Париже.
На исходе войны, в 1945—1946 годах, Метальников заболел и умер в клинике для душевнобольных в Мёдоне.