После ареста в Швейцарии бывшего главы Министерства атомной энергетики РФ Евгения Адамова, выдачи которого добивались США, Абельцев в мае 2005 г. потребовал, чтобы Госдума дала парламентское поручение спецслужбам уничтожить Адамова, с тем чтобы он не мог выдать американцам государственные секреты
15 марта 2006 г., выступая в Думе в связи со смертью в Гааге Слободана Милошевича, Абельцев предложил выслать из России все комиссии Евросоюза, которые инспектируют российские тюрьмы и СИЗО, и направить в суды Голландии и в Европейский суд по правам человека обращение с требованием начать судопроизводство против трибунала по бывшей Югославии.
В марте 2006 г. на пленарном заседании Государственной Думы, при обсуждении проблемы птичьего гриппа, Абельцев выдвинул идею об уничтожении всех летящих в Россию перелетных птиц силами ПВО. Он предложил направить более 4 миллиардов рублей, выделенные на вакцинацию птиц от вируса H5N1, в Минобороны для проведения учений с применением боеприпасов объемного взрыва с тем, чтобы «уничтожить заразу в воздушном пространстве на подступах к Российской Федерации». .
30 марта 2005 г. Абельцев принял участие в драке, произошедшей во время заседания Госдумы между депутатами от фракций ЛДПР и «Родина». Генеральная прокуратура в связи с этим запросила Госдуму о снятии с Абельцева и других участников драки неприкосновенности для привлечения их к административной ответственности за мелкое хулиганство, но согласия не получила.
В 2005 г. помощник Абельцева Сергей Белозер был осужден на 7 лет колонии строгого режима по обвинению в вымогательстве $600 тыс. у председателя правления Эпин-банка. Во время следствия Белозер написал несколько писем генпрокурору Юрию Чайке, в которых утверждал, что якобы действовал по указанию Абельцева, который обещал ему защиту. Абельцев заявил, что Белозер его оговаривает, и потребовал от администрации СИЗО введения цензуры
10 июня 2008 года группа молодых людей забросала яйцами руководителя Московской Хельсинкской группы Людмилу Алексееву и лидера движения «За права человека» Льва Пономарева в ходе пресс-конференциям, посвященным пыткам и убийствам заключенных в колонии в Челябинской области. Пономарев заявил: «Я виню в случившемся депутата Госдумы Сергея Абельцева, он присутствовал на пресс-конференции и координировал молодых людей.».
11 марта 2009 г. вновь произошёл аналогичный инцидент на слушаниях по вопросу об избиениях заключенных (с участием Льва Пономарева и других правозащитников, а также бывших заключенных). Из трех лиц, забрасывавших яйцами правозащитников, один нападавший был задержан, при попытке задержать другого был избит журналист Орхан Джемаль. Он был избит неизвестными, приехавшими в автомобиле, в котором, по его словам, он заметил также Абельцева. Это дало основание для утверждений о причастности Абельцева к нападению на правозащитников. Со своей стороны сторонники Абельцева утверждали, что он не имеет никакого отношения к инциденту: «Он случайно проезжал мимо, увидел, как этот журналист пытался кого-то из молодых людей придушить. Остановился, решил помочь».. При этом Абельцев дал интервью, в котором сделал заявление о смычке правозащитников с криминалитетом и о том, что «многие заключенные подались в правозащитники» и «они организуют эти праздничные „правозащитно-блатные сходняки“, чтобы продемонстрировать свою силу», после чего Межрегиональная правозащитная ассоциация «Агора» потребовало привлечь его к суду.
Комментируя нападение на Л.Алексееву и Л.Пономарева, сатирик В. А. Шендерович 14 июня 2008 г. в радиопередаче «Плавленый сырок» назвал Абельцева животным и сравнил с отвратительными человекоподобными существами йеху из сатирического романа Джонатана Свифта «Путешествия Гулливера»:
Абельцев, со своей стороны, направил Шендеровичу письмо, в котором указывал:
Он отмечал, что считает высказывание Шендеровича «оскорбительным, развращающим общественную нравственность, недостойным культуры русской речи и, соответственно, предосудительными, то есть достойными осуждения и порицания», и заявлял, что намерен подать на Шендеровича в суд за оскорбление:.
Шендерович в ответом письме подтвердил, что слово «животное» употребил именно в отмеченном Абельцевым словарном (по Далю) зачении — «скотина; недостойный звания человека» и предложил депутату как можно скорее подать в суд, чтобы «приступить к исследованию в судебном заседании вопроса о том, является ли депутат Абельцев животным». Абельцев подал в Пресненский суд г. Москвы, обвиняя Шендеровича в оскорблении и требуя с него компенсацию в 1 миллион рублей. Шендерович в ответ заявил, что образ «тупого, агрессивного и наглого человекоподобного животного по имени „йеху“» является не оскорблением, а метафорой, касающейся оценки деятельности Абельцева как государственного чиновника (а не частного лица) и употребленной «в контексте нравственной деградации человека».…. Характеризуя контекст, в котором упоминается имя политика Абельцева в российской прессе, создавая ему репутацию, Шендерович в своей речи утверждал, что:
Текст Шендеровича был направлен на психолингвистическую экспертизу. Экспертиза нашла, что слово «животное» в отношении Абельцева «более чем прилично», поскольку это слово есть в академических словарях. «Шендерович говорил литературным, русским языком. Это звучало не только прилично, но и избыточно прилично». 2 июля 2009 г. суд отказал Абельцеву в иске за отсутствием в действиях Шендеровича состава преступления.. Этот процесс вызвал широкий резонанс в СМИ и блогосфере.
Об участниках «маршей несогласных»
О заместителе госсекретаря США Ф.Гордоне
Лауреат премии «Кремлёвский Грандъ» в номинации «Депутат года» (2007).