Это положило начало сближению еврейских купцов с новгородским духовенством. Сохранившееся в то время в Новгороде стригольничество (см. Стригольники) в крайнем своём направлении пришло к отрицанию христианства и к признанию Единого Бога, которому сектанты молились, глядя на небо.
Отсюда недалеко уже было и до либерально-философского иудейства, каким были верования караимов. Одно летописное сказание даёт основание предполагать, что первыми последователями караимов, во главе которых стоял С., были духовные лица Новгорода, если не вполне разделявшие стригольническое учение, то в душе сочувствовавшие ему. Современные свидетельства относят сюда новгородских попов Дионисия и Алексия, отличавшихся умом и образованием.
По известиям, помещённым у Татищева под 1491 г., Схария был казнён Иоанном III в Новгороде вместе с другими бунтовщиками против московского великого князя.
Ряд историков (Я. С. Лурье, Р. Г. Скрынников) придерживаются иной точки зрения по которой Захария - вымышленный персонаж или персонаж роль которого сильно преувеличена. Гонения на "жидовствующий" в России были не единовременным фактом, а растянулись более чем на 10 лет. Инициатором их был архиепископ Новгородский Геннадий. Он всячески пытался поднять значимость этого процесса и добиться максимально жестоких наказаний для обвиняемых. Однако на процессе 1490 года ни о Захарии, ни о связи обвиняемых с иудеями речи не было. Несмотря на пытки, улик по сути дела не было, не было и очень жестоких наказаний. После смерти Геннадия эстафету борьцы против ереси принял Иосиф Волоцкий, который написал обвинительный трактат против еретиков, в этом трактате впервые появился и термин "жидовствующие" и ученый иудей Захария. Некоторые исследователи считают, что все эти сведения домысел, с целью усилить обвинения. Если Захария был, то почему на предыдущем процессе о нем не сказано ни слова. На последующих процессах обвиняемым не было позволено не только говорить, но и каяться. Поэтому все обвинения в адрес "жидовствующих" весьма проблематичны, была ли ересь, а если была, то в чем же она заключалась.
В трактате Иосифа еврей Захария представлен очень ученым и знающим человеком, но там ничего не говорится о его крымском происхождении. Естественно попытались найти следы Захария в Европе. Поиски эти закончились достаточно надуманной конструкцией. Еврей Захария был отождествлен, во-первых, с некоторым ученым иудеем из Крыма (возможно караимом) который имел беседы с русским послом. Никаких данных предполагать, что этот еврей или караим уехал в Новгород, тем более в свите литовского князя нет. Надо отметить, что в это время крымское ханство было союзником московского князя и вело войну с Литвой. Поэтому путь в Россию через Литву был не очень удобным, а имя Захария весьма распространено. Во-вторых, он отождествляется с Захарией Гвизольфи, сына генуэзца и знатной черкешенки с Тамани, изгнанного турками, и нашедшего пристанище в Крыму. Пытаясь найти пристанище, он писал Ивану III. Точно также непонятно, как сын итальянца стал иудеем или караимом, зачем ему ехать в Новгород в свите литовского князя и когда он успел стать ученым?
Тезис о реальности существования Захарии поддерживается православной церковью, что естественно, так как Иосиф Волоцкий признан Святым. С другой стороны его поддерживают еврейские ученые, которые находят в этом свидельство влияния еврейской науки на духовные течения в России даже в эту отдаленную эпоху.