Родился в семье раввина Александрии, Херсонской губернии. Учился в городе Лида у основателя движения Мизрахи Ицхака Якова Райнеса.
В 1913 году назначен раввином местечка Вороново Виленской губернии, в том же году назначен духовным раввином в своём родном городе Александрии.
В 1922 переселился в Москву. С 1922 по 1931 был секретарем и членом московского раввината. В 1931 году в период религиозных преследований обвинялся в спекуляции и был вынужден из-за этого отойти от общиной жизни.
В 1941 году эвакуировался в Ташкент.
В 1943 году назначен на должность раввина Московской хоральной синагоги.
2 апреля 1944 года Шлифер принял участие в состоявшемся в Москве третьем митинге Еврейского антифашистского комитета, на котором выступил с речью и вошел в состав комитета. С 1946 г. — преседатель правления синагоги.
Под руководством Шлифера переиздан молитвенник «Сидур ашалем» с добавлением молитв за здравие советского правительства в 1956 году. В этом же году издан еврейский календарь.
В 1957 году под руководством Шлифера, при московской хоральной синагоге, была открыта иешива «Коль Яаков», где преподавал раввин Йехуда Лейб Левин.