Работал, в должностях министра финансов, посла Португалии в Берлине а также был президентом Португальской Республики. Как президент Португальской Республики, имел диктаторские полномочия. Приостановил и изменил Конституцию Португалии в 1911. Был профессором в университета Коимбра, где он преподавал дифференциальную и интегральную математику.
Сидониу Паиш родился в Каминье, в семье нотариуса Алберту Сидониу Паиша. С 1895 года жил в Амаранте с женой Марией душ Празереш Мартинш Бесса, с который у него было пятеро детей. Среднее образование получил в школе в городке Виана-ду-Каштелу, после чего отправился в Коимбру, где он изучал математику. В 1888 году поступил в военное училище, где обучался по специальности артиллерист. Будучи блестящим студентом, он завершил обучение с отличием, в 1892 году получил звание прапорщик, через 2 года в 1895 году он получил звание лейтенанта, а в 1906 году — капитана.
После окончания военного училища поступил в Университет Коимбры, который окончил в 1898 году. Там он стал приверженцем республиканских идеалов. Будучи уважаемым математиком, в Университете Коимбры, он был назначен профессором кафедры дифференциального и интегрального исчисления университета. Будучи профессором 23 октября 1910 года был назначен на должность вице-ректора. После провозглашения Португальской Республики в 1910 году начал вести активную политическую жизнь. Недолгое время был Председателем Совета Директоров Португальских железных дорог, был избран депутатом Национального учредительного собрания, участвовал в создании Конституции Португалии в 1911 году.
Будучи видным членом Парламента Португалии 24 августа 1911, был назначен министром развития в правительстве Жуана Шагаса. После падения правительства Жуана Шагаса он остался у власти и получил портфель министра финансов в правительстве Аугусту де Вашконселуш Коррейа, к своим обязанностям он приступил 7 ноября этого года и занимал эту должность до 16 июня 1912 года.
В это время, когда обострение международных отношений, которое привело к первой мировой войне, уже всеми ощущалось, был назначен на пост полномочного посла в Берлине, куда прибыл 17 августа 1912 года. Он оставался на этой важной дипломатической должности в течение всего критического периода до начала войны и в её ходе вплоть до 9 марта 1916 года, когда Германия объявила войну Португалии после захвата её судов в португальских портах. Вернувшись в Португалию, пополнил ряды тех, кто выступает против участия Португалии в Великой войне. Как лидер оппозиции правительству Демократов с 5 по 8 декабря 1917 возглавил военный переворот, который привёл к власти военную хунту.
На рассвете 8 декабря был освобождён с занимаемой должности президент Португалии Бернардину Машаду, и власть была передана Революционной хунте, возглавляемой Сидониу Паишем. На заседании, состоявшемся 11 декабря 1917 года, Сидониу Паиш вступил в должность президента Португалии, а также совместил эту должность с должностями министра обороны и министром иностранных дел, грубо поправ Конституцию 1911 г., которую сам же и помогал писать. Во время переворота и в самом его начале правительство Сидониу Паиша было поддержано несколькими группами трудящихся в обмен на освобождение из тюрьмы их товарищей и в надежде на участие в управлении Национального союза рабочих. Но затем он начал выпускать указы, закрепляющие диктаторские полномочия без консультаций с Конгрессом Республики. Приостановил действия важных статей Конституции, узаконил норму, по которой президент стал как главой государства, так и главой правительства, добившись таким образом власти, которой не имели монархи эпохи абсолютизма. Новая архитектура политической системы получила название Новой Республики. Поэтому он получил прозвище президент-король. Во многих своих формах, Новая Республика была предвестником следующего диктатора Антониу ди Оливейра Салазара.
В попытках поправить отношения с Римско-католической церкви 23 февраля 1918 Сидониу Паиш подписал поправки в закон об разъединении церкви и государства, этим он вызвал бурную отрицательную реакцию со стороны республиканцев, пользовавшихся широкой поддержкой католиков и сельского населения.
11 марта 1918 года в обход Конституции своим указом провозгласил всеобщие прямые президентские выборы и, используя свою популярность среди католиков, 28 апреля 1918 был избран президентом. На выборах он получил 470 831 голосов, что является беспрецедентным результатом. Президент республики был провозглашен 9 мая этого года. Эту победу он использовал, чтобы подавить любые проявления оппозиции.
Указы в феврале и марте 1918, которые шли в противоречии с действующей конституцией, называли Конституция 1918 года. После этого установился чёткий режим президентской республики. В апреле 1918 года силы португальского экспедиционного корпуса несут большие потери в битве при Ла-Лиса, а португальское правительство не может выделить необходимые подкрепления для поддержания боеспособности войск. Ситуация стала настолько критической, что после перемирия, что ознаменовало окончание войны, португальское государство не могло немедленно вернуть свои силы в страну. Социальные проблемы в стране выросли до точки кипения, и в стране всё явственней ожидались социальные потрясения.
Это был конец состояние благодушия. С лета 1918 года в стране начались волнения, что заставило президента 13 октября этого года объявить чрезвычайное положение. На некоторое время это дало возможность восстановить контроль над положением, но режим был явно смертельно ранен.
К концу года политическая ситуация не улучшилась, несмотря на подписание Соглашения о перемирии в Великой войне. 11 ноября в послании короля Англии Георга V Сидониу Паиш был обвинён в германофильских взглядах, что явно не способствовало устойчивости режима. После этого происходит эскалация насилия, которую не смог пережить и президент. 5 декабря 1918 года в ходе церемонии поминовения Аугушту де Каштилью состоялось первое нападение, после которого ему удалось остаться невредимыми. Следующее и удачное нападение произошло через несколько дней, в Россио. 14 декабря 1918 Сидониу Паиш был застрелен Хулио Хосе-да-Костой, республиканским активистом.
После убийства Сидониу Паиш Португалия погрузилась в состояние постоянного кризиса, который завершился только через 8 лет после революции 28 мая 1926. На похоронах Сидониу Паиша присутствовали десятки тысяч людей. Этого мог быть достоин только подлинный президент-король. Сидониу Паиш имел поддержку наиболее отсталых и бедных слоёв общества. Образ мученика привёл к появлению культа, аналогичного тому, который был создан вокруг фигуры Созы Мартинша.