В 1910 году основал Звенигородскую гидрофизиологическую станцию (ныне биостанция МГУ имени С. Н. Скадовского). Основное научное направление работ Скадовского — экология и физиология водных организмов.
Потомок старинного польского дворянского рода Скодовских. Прадед — Скодовский Балтазар Балтазарович (1745—1825), подполковник войска польского при короле Станиславе Августе Понятовском. После раздела Польши присягнул на верность Павлу I, получив русское дворянство. Дед — Скодовский Лев Балтазарович (1814—1886), помещик и крупный землевладелец, а также отец будущего учёного — художник Скадовский Николай Львович (1845—1892), родились и умерли в семейном поместье Белозёрка (Скадовка). Мать — Аркудинская Мария Сергеевна 1860—1940). Жена — Скадовская Людмила Николаевна, урождённая Сперанская (1889—1972).