Пинкер родился в Монреале, Канада, в 1954 году. Получил докторскую степень в Гарварде в 1979 году. Он год занимался исследованиями в Массачусетском технологическом институте (MIT), затем вернулся в Гарвард. С 1982 по 2003 Пинкер преподавал в департаменте Мозга и когнитивных наук в MIT, и в конце концов стал директором Центра когнитивных нейронаук (кроме одного года проведённого в Университет Калифорнии, Санта Барбара в 1995—1996).
В 2004 году Пинкер был назван журналом Time одним из 100 наиболее влиятельных ученых и мыслителей в мире. Журнал Foreign Policy в 2010 году включил его в список 100 мыслителей.
Он дважды являлся финалистом Пулитцеровской премии, в 1998 и 2003.
Пинкер женат на писательнице Ребекке Голдстейн. Это его третий брак, однако своих детей у него нет.
В одном из интервью Пинкер сказал, что никогда не был религиозен в теологичесокм смысле после того как стал атеистом в 13 лет, но в различные периоды относил себя к еврейской культуре. Его политические взгляды были близки к анархистским, но после беспорядков в Монреале в 1969 году он в разочаровался в них.
Пинкер известен своей теорией усвоения языка, исследованиями синтаксиса, морфологии и значения глаголов, а также критикой коннективистских моделей языка. В своей книге «Язык как инстинкт» (1994) он популяризирует работы Ноама Хомского о врождённых способностях сознания к языку, с тем различием, что, с точки зрения Пинкера, эта способность сформировалась как адаптация при помощи естественного отбора, а не является побочным продуктом эволюции. Он также поддерживает идею о комплексной человеческой природе, состоящей из множества адаптивных способностей разума. Другой важной идеей Пинкера является то, что человеческое сознание отчасти работает при помощи комбинаторной манипуляции символами, что расходится со многими коннективистскими моделями.