С 1946 по 1949 годы воевал в рядах Демократической армии Греции во время гражданской войны в стране, тогда же принимал участие в деятельности Народно-освободительного фронта — союзной ДАГ партизанской организации этнических македонцев в Греции.
После поражения в гражданской войне Кочов, в числе других бойцов, эвакуирован в Советский Союз, где живет с 1950 по 1957 гг. В 1957 г., после восстановления дружественных отношений между СССР и СФРЮ, эмигрирует в С. Р. Македонию.
Стоян Кочов — один из самых активных исследователей участия македонцев в гражданской войне в Греции и опубликовал по этому вопросу несколько работ, как то: