Родился в Хороброве под Тернополем (Галиция, Австро-Венгрия) в семье, принадлежащей к древнему дворянскому роду герба Корчак.
Учился в лицее во Львове, затем окончил военную академию Франца-Иосифа в Вене, по окончании (1915) участвовал в Первой мировой войне, в качестве командира роты сражаясь в составе австрийской армии на русском и итальянском фронтах. С 1918 года — в польской армии; командовал уланским полком в советско-польской войне 1920 года, был ранен. С тех пор вплоть до конца 1930-х годов оставался в должности командира различных уланских полков. Был прекрасным наездником (участвовал в Олимпиаде в Париже в 1924 году — 24 место).
В начале Второй мировой войны командовал обороной на Висле в районе Демблина, затем — заместитель командующего Объединенной бригадой кавалерии в составе армии «Люблин».
После разгрома Польши был организатором подполья в Краковском районе, после ареста командующего Армией крайовой генерала Стефана Ровецкого назначен на его место (9 июля 1943) с присвоением чина бригадного генерала. Будучи озабочен как борьбой с немецкой оккупацией, так и предотвращением советской оккупации в случае освобождения Польши силами СССР, Коморовский в феврале 1944 года убедил польское правительство в изгнании принять план самостоятельного выступления Армии крайовой. 1 августа 1944 года, при подходе Красной Армии к Варшаве, в расчёте на ослабленность немецких войск советским наступлением, но без согласования с командованием Красной армии отдал приказ о начале Варшавского восстания, которое и возглавил. Однако наступление Красной Армии к тому времени выдохлось и взять Варшаву с ходу не удалось, что привело к краху восстания. При этом на западе и в Польше существует мнение о якобы специальной задержке Красной Армии.)
9 августа 1944 года Сталин в беседе с членами польской правительственной делегации во главе с премьером Польского правительства в изгнании Станиславом Миколайчиком заявил, что начинание с восстанием польской подпольной армии в Варшаве он считает «нереальным делом», но не отказался установить связь и сбрасывать оружие. Тем не менее, до 13 сентября 1944 года советская сторона сброса оружия и амуниции не осуществляла. 15 ноября 1944 года, на встрече с польской делегацией во главе с генералом М.Спыхальским Сталин утверждал: «Если бы нас спросили, мы бы не дали совета восставать», изложив военные соображения задержки у стен Варшавы: наличие высокого левого берега Вислы и необходимость подтягивания минимум 40 дивизий, оружия и продовольствия.
Советский маршал польского происхождения (выходец из Варшавы, где на момент восстания проживала его сестра) К.Рокоссовский в интервью корреспонденту английской газеты «Санди таймс» и радиокомпании Би-Би-Си в СССР в годы войны Александру Верту, 26 августа 1944 года в Люблине, называя восстание грубой ошибкой, начатой без согласования с руководством Красной Армии, утверждал:
Согласно мемуарам Рокоссовского, с 13 сентября по 1 октября 1944 года советская авиация (ночные бомбардировщики По-2) произвела в помощь восстанию 4821 самолето-вылет, включая 2535 самолето-вылетов с грузами для повстанческих войск, а также прикрытие с воздуха и бомбежки немецких войск. Также восставшим помогала зенитная и наземная артиллерия. Для корректировки огня были сброшены на парашютах связные офицеры.
По утверждению Рокоссовского, Бур не пытался связаться напрямую со штабом фронта, хотя Генеральный штаб сообщил ему код. По его данным, руководство АК разжигало враждебную агитацию против Советского Союза и подконтрольных ему польских войск.
По данным генерала армии М.Гареева, по заданию Сталина Рокоссовский послал к генералу Бур-Коморовскому двух офицеров-парашютистов, которых Коморовский не пожелал принять. До этого генерал Коморовский, однако, согласился встретиться с гитлеровскими парламентёрами. В. Н. Швед утверждает, что раненый советский офицер Иван Колос в одиночку выбирался из Варшавы, о чем рассказывается в фильме «Освобождение».
Попытка заранее согласованной с руководством восстания высадки десанта польской армии под управлением штаба 1-й польской армии (16-23 сентября 1944 года) через Вислу столкнулась с отзывом из прибрежных районов по указанию Бура-Коморовского и Монтёра отрядов АК вглубь города (их место заняли немцы), что Рокоссовский в своих мемуарах расценил как предательство.
По словам М. Гареева, он прочел в газете, что в середине июня 1944 года вблизи пригорода Варшавы Юзефова Коморовский встретился со старшим офицером немецкой службы безопасности штурмбаннфюрером СС Паулем Фухсом. Фухс упоминал слухи, что 28 июля 1944 года планируется восстание, и не советовал Коморовскому устраивать это кровопролитие. Коморовский сослался на прямой приказ из Лондона и политический престиж: желание освободить Варшаву и назначить здесь польскую администрацию до момента вхождения советских войск. Также он сказал немецкому представителю следующее: «Я знаю, что вам известны места, где я скрываюсь, что каждую минуту меня могут схватить». Гареев расценил последнюю фразу и факт отсутствия ареста как признак «нужности» Коморовского немцам.
2 октября 1944 года Бур-Коморовский подписал с немцами соглашение о капитуляции, выговорив для повстанцев максимально благоприятные условия (статус военнопленных). После этого находился в офлаге IV-C (Кольдиц, Саксония) до освобождения американцами 4 мая 1945 года.
По освобождении из плена встал во главе польских сил на Западе до их роспуска в 1946 году. В 1947—1949 годах и.о. премьера правительства Польши в изгнании; с 1954 года наряду с Владиславом Андерсом и Эдвардом Рачинским — член Совета Трёх (руководящий орган польской эмиграции).
Опубликовал мемуарную и фактографическую книгу «Подпольная армия» (польск. Armia Podziemna; 1951).
Прах Коморовского перезахоронен в Варшаве на воинском кладбище Повонзки.