Окончила факультет журналистики МГУ.
С 1991 по 1993 год работала корреспондентом отдела политики «Независимой газеты».
19 августа 1991 прославилась на всю страну, задав на пресс-конференции участников ГКЧП вопрос: «Понимаете ли вы, что сегодня ночью вы совершили государственный переворот?» При этом Малкина предложила Янаеву выбрать историческую параллель — с 1917-м или с 1964-м годом, когда от власти был отстранён Хрущёв (на самом деле Н.С. Хрущёв был отстранён пленумом ЦК КПСС, т. е. не путём переворота).
Работала обозревателем газеты «Время новостей». В 2001 основала и стала главным редактором первого постсоветского толстого журнала «Отечественные записки».
Осенью 2002 на время уехала из России вместе с мужем — Мартином Гилманом, представителем МВФ в России.
С марта 2007 по сентябрь 2009 — ведущая передачи «Ничего личного» на канале «ТВ Центр», посвящённой проблемам культуры и искусства. Была уволена после того, как в своей колонке на сайте «Газеты» сравнила Москву с «ульем в кепке», а Лужкова назвала «стариком Батуриным», поставив ему диагноз «медовая интоксикация».
В настоящее время обозреватель газеты «Московские новости».