Родился в Риме в семье немецкого дипломата. Изучал архитектуру и строительную инженерию. С 1862 года жил и работал в Вене у архитектора Генриха Ферстеля, спроектировавшего Вотивкирхе в Вене. Вскоре после этого он получил австрийское подданство и в 1864 году в составе австрийского военно-инженерного корпуса отправился в Мексику, где участвовал в войне на стороне Максимилиана I вплоть до казни последнего 19 июня 1867 года.
Из-за своего интереса к Мексике Малер принял решение остаться там жить. Он изучал тотонакские и сапотекские языки, много путешествовал по стране, снабжая отчёты о своих поездках фотографиями. Опрашивая местных жителей, он обнаружил скрытые растительностью руины нескольких городов майя, которые зарисовал и сфотографировал. Находки и фотографии Малера хранятся в музеях Германии, США и Мексики.