Отец писателя Александра Верховского и врача Ивана Верховского, известных своими библейско-историческими и церковно-историческими работами и деятельностью на ниве церкви.
Родился в 1799 году в Костромской губернии в семье сельского священника. Учился в Солигаличском духовном училище.
В 1822 году рукоположен во священника в Троицкий единоверческий девичий монастырь Черниговской губернии.
С 1827 года становится протоиереем Николаевской единоверческой церкви в Петербурге.
С 1844 по 1848 года он был командирован в Черниговскую губернию с целью водворения и распространения единоверия в местности Стародубье. В целый ряд командировок ему удалось преобразовать многие старообрядческие церкви и Покровский старообрядческий монастырь в единоверческие; для этих церквей он сам набрал пастырей и в приезд императора Николая в Черниговскую губернию служил в его присутствии в единоверческой церкви обедню по древнему чину. 2 января 1848 года Покровский старообрядческий монастырь в присутствии гражданского губернатора, членов ратуши Климовского посада бывшим настоятелем о. Рафаилом был передан вновь определенному на его место единоверческому архимандриту. Привел к единоверию богатейшего из купцов г. Клинцы Петра Исаева.
Он издал сочинения М. С—ого «Исторический очерк единоверия» (СПб., 1867) и сам написал: