Профессиональную карьеру Флауэрс начал в клубе «Вулверхэмптон Уондерерс», где сразу стал основным вратарём, но дела «Вулверхэмптона» тогда складывались неважно, клуб опустился в четвёртый дивизион и был на грани банкротства, в следствии чего Флауэрс был продан в «Саутгемптон». В «Саутгемптоне» он первоначально был дублёром Питера Шилтона, но после его ухода в «Дерби Каунти», стал основным вратарём и приобрёл репутацию одного из сильнейших вратарей Англии. В 1993 году Флауэрс перешёл в «Блэкберн Роверс», один из сильнейших английских клубов тех лет, за рекордную для вратаря сумму в ?2,4 млн. Проведя в Блэкберне шесть лет и став в его составе чемпионом Англии, Флауэрс пошёл на понижение в «Лестер Сити», а в 2003 году завершил карьеру.
В составе национальной сборной с 1993-ого по 1998-ой годы Тим Флауэрс провёл 11 матчей. Флауэрс был в составе сборной Англии на ЧМ-1994 и ЧМ-1998.