Первый космонавт казахской национальности. Депутат Верховного Совета Казахстана XII созыва. Депутат Мажилиса Парламента Республики Казахстан от избирательного округа № 44 Кызылординской области. Генерал-майор ВВС Казахстана.
Родился 27 июля 1946 года в посёлке колхоза им. 1 Мая Каркаралинского района Карагандинской области.
Окончил 8 классов средней школы, затем работал токарем на Темиртауском литейно-механическом заводе, одновременно учился в вечерней школе.
В 1965 году закончил школу и поступил в Армавирское высшее военное авиационное училище лётчиков ПВО. В 1976 году окончил Высшую школу лётчиков-испытателей имени М. Громова и перешёл на испытательную работу.
В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна. За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму с самолётами корабельного базирования. Первым в СССР совершил беспосадочный полёт в район Северного полюса и с двумя дозаправками в воздухе, первым в СССР поднял серийный сверхзвуковой истребитель МиГ-29 с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси».
Заочно окончил Московский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе.
В 1991 году в соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.
2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым и австрийским космонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13». В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».
После распада СССР живёт в Казахстане. Находится на государственной службе. С апреля 1992 года — первый заместитель председателя Государственного комитета по обороне Республики Казахстан, помощник президента Казахстана по освоению космоса. У себя на родине считается первым казахстанским космонавтом, хотя де-юре им не является: первым космонавтом — уроженцем Казахской ССР был Виктор Пацаев, а Казахстана вообще — Владимир Шаталов.
Перед избранием в парламент — генеральный директор Национального аэрокосмического агентства Республики Казахстан в городе Алма-Ата. 24 октября 2009 года Токтар Аубакиров, первый казахский космонавт, выступая на съезде новой оппозиционной политической силы — Общенациональной социал-демократической партии «Азат» — в Алма-Ате, так пояснил своё вхождение в объединённую партию оппозиции:
14 января 2012 году участвовал на досрочных выборах в мажилис, нижнюю палату парламента. Выдвигался от партий ОСДП.