Толеген Айбергенов родился 8 марта 1937 года в Кунградском районе Кара-Калпакской АССР (ныне Республика Каракалпакстан) Узбекской ССР в семье колхозника. После окончания средней школы поступил на историко-филологический факультет Ташкентского государственного педагогического института имени Низами, который окончил в 1959 году.
По завершении учёбы в институте он вернулся в родное село и стал работать учителем русского языка и истории родного района в местной школе.
В 1962—1965 годах занимал пост директора школы рабочей молодёжи (т. н. вечерней школы) в Сарыагашском районе нынешней Южно-Казахстанской области.
Впервые стихи Толегена Айбергенова появились в печати в 1957 году. Первая книга «Арман сапары» («Путь мечты») увидела свет в 1963 году. За ней, в 1965 году, вышла вторая — «?мірге саяхат» («Путешествие в жизнь»). Третья книга поэта — «??мда?ы м?наралар» («Минареты в песках») увидела свет через год после его кончины — в 1968 году. Избранные произведения увидели свет на русском языке под названием «Мир созвездия» 1987 году. За это произведение Т. Айбергенов посмертно, в 1974 году, был удостоен премии Ленинского комсомола Казахстана в области литературы, искусства и архитектуры.
Толеген Айбергенов успел опубликовать при жизни только два сборника стихов, но яркое, самобытное творчество этого замечательного поэта заняло прочное место в современной поэзии Казахстана. О чём бы ни писал Толеген Айбергенов, о времени и о себе, о богатстве и красоте родной земли, о высоких человеческих стремлениях — во всём он предельно честен и искренен.