Родился в Детройте, штат Мичиган. Окончил университет Уэйна в 1977 году. В течение долгого времени работал в издательстве Gale Group, в 2001 году уволился и переехал во Флориду.
Писательскую деятельность Лиготти начал в 1980-х, публикуя свои рассказы в небольших фэнзинах и журналах. Первоначально он избегал контактов с прессой и тщательно скрывал всю информацию о себе, что спровоцировало слухи о том, что имя «Томас Лиготти» — псевдоним другого автора, возможно, известного. Позже Лиготти развеял эти слухи.
По собственному признанию писателя, он с 17-летнего возраста страдает паническими атаками и фобиями, а также приступами депрессии, что нашло отражение в его творчестве. Среди авторов, оказавших на него влияние, Лиготти называет Владимира Набокова, Эдгара По, Уильяма Берроуза, Эмиля Чорана, Бруно Шульца и многих других. Критики неоднократно отмечали также влияние на творчество и мировосприятие Лиготти таких писателей, как Франц Кафка, Говард Лавкрафт и Хорхе Луис Борхес.
Критики часто применяют к творчеству Лиготти определения «интеллектуальный хоррор», «литературный хоррор» и «философский хоррор». Дань уважения Лиготти воздал Даррелл Швейцер, написавший книгу о его творчестве.
Томас Лиготти известен как один из лучших современных авторов хоррора, работающих в короткой форме, и его творчество представлено в основном именно рассказами. Для произведений писателя характерен особый стиль, сочетающий чёрный юмор и частое использование цитат, преимущественно из различных философских трудов. Лиготти в своих рассказах уделяет большое внимание проблемам человеческой психологии — анализу явления страха, особенностям индивидуального восприятия окружающей действительности, симптомам психических расстройств и т. д..
Российский критик Станислав Ростоцкий охарактеризовал прозу Лиготти как «вязкую» и «переваривающую саму себя», однако в то же время отметил высокую степень атмосферности его произведений.
Основные сборники рассказов автора:
По одноимённому рассказу писателя в 2007 году был снят фильм «Шалость». Кроме того, его рассказы из сборника «Фабрика кошмаров» были адаптированы для серии комиксов компанией Fox Atomic.
В 2010 году была опубликована философская книга Лиготти под названием «Заговор против человека», посвящённая «ужасам жизни и искусствам ужаса», в которой автор подробно описал собственный взгляд на мир.
На рубеже 1990-х — 2000-х годов Томас Лиготти активно сотрудничал с Дэвидом Тибетом, единственным постоянным участником индастриал-группы Current 93. Три сборника Лиготти были изданы при помощи Тибета и сопровождались его дисками, кроме того, Лиготти написал для Current 93 несколько текстов и сыграл гитарную партию на альбоме Foxtrot.