Томас Манфредини уже в начале своей карьеры прославился игрой за «Удинезе». За пять лет игры в «Удинезе», Томас зарекомендовал себя как надёжный защитник, умеющий построить игру в пользу своей команды.
После сезона 2004/05 Манфредини был арендован клубом «Фиорентина». Не сумев попасть в основной состав «фиалковых», он просидел весь сезон на скамейке запасных.
Следующей командой, которая взяла в аренду Томаса, была «Катания». Но уже после 1-ой половины сезона 2005/06, Томас Манфредини был куплен клубом «Аталанта». Не закрепвшись и здесь в основе, Томас был отдан в ареду в такие клубы, как «Римини» и «Болонья».
На данный момент Томас играет за «Аталанту».