В восстание Костюшко стал генералом (16 октября 1794). После боя под Мацеёвицами, где Костюшко был тяжело ранен и взят в плен, Вавжецкого избрали главнокомандующим восстания.
В 1796 согласился принести верноподданническую присягу императору Павлу I. За это он был освобожден вместе с 12 тыс. пленных поляков.
С 1813 член временного совета, управляющего Варшавским герцогством.