В 1949 г. окончила исторический факультет МГУ имени М. В. Ломоносова по кафедре истории древнего мира. В 1957 г. принята на работу в Институт истории АН СССР (ныне Институт всеобщей истории РАН), где проработала до 2006 г.В 1964 г. защитила кандидатскую диссертацию на тему «Формы экономических связей в раннеэллинистический период», а в 1999 г. докторскую на тему «Гностицизм как историко-культурная проблема в свете коптских текстов из Наг Хаммади».
Свою научную деятельность начала с изучения вопросов, касающихся истории эллинизма. Затем изучала вопрос рабства и христианства, используя тексты Нового Завета.
В 1960-е годы стала заниматься изучением гностицизма, христианской апокрифики и коптскими рукописями из Наг-Хаммади. С начала 1990-х годов преподает коптский язык в Свято-Тихоновском богословском институте на филологическом факультете (Семитские языки и древняя восточно-христианская письменность), в МГУ на философском факультете и в Институте мировой культуры. В 1999 г. защитила докторскую диссертацию на тему «Гностицизм как историко-культурная проблема в свете коптских текстов из Наг-Хаммади».
В своём главном сочинении «Историко-философские вопросы гностицизма» реконструирует гностические мировоззрения на основе Наг-Хаммадийских рукописей, отмечая кардинальное различие раннего христианства и существовавшего в то время гностицизма.
На протяжении многих лет является членом редколлегии и редакционного совета журнала «Вестник древней истории». Участвовала в работе ряда международных конгрессов по истории древнего мира. Работала в Париже по стипендии Maison des sciences de l’homme.
В настоящее время продолжает разработку проблемы гностицизма в разных её аспектах и готовит к изданию собрание прошлых своих работ, связанных с коптскими гностическими текстами из Наг-Хаммади, а также свой полный перевод «Пистис Софии».
1.Из истории эллинистической экономики (К вопросу о торговой конкуренции Боспора и Египта в III веке до н. э.) // ВДИ. 1961. №
2.Пиратство в Восточном Средиземноморье в III в. до н. э. (К изучению источников форм зависимости в эллинистический период). В кн.: К.К.Зельин, М.К.Трофимова. Формы зависимости в Восточном Средиземноморье эллинистического периода. В серии: Исследования по истории рабства в античном мире. М. “Наука”. 1969
3.Христианство и рабство (по данным новозаветной литературы). В кн.: Е.М.Штаерман, М.К.Трофимова. Рабовладельческие отношения в ранней Римской империи (Италия). В серии: Исследования по истории рабства в античном мире. М. “Наука”. 1971.
4.Историко-философские вопросы гностицизма (Наг-Хаммади, II, соч. 2, 3, 6, 7). М.“Наука”. 1979.
5.Гностические апокрифы из Наг-Хаммади. В кн.: Апокрифы древних христиан. Исследования, тексты, комментарии: И.С.Свенцицкая. М.К.Трофимова. М. “Мысль”. 1989.
6.Из истории ключевой темы гностических текстов // АН СССР. Ин. слав. и балк. Ин. языкозн. Палеобалканистика и античность. Сб. науч. трудов. М. “Наука”. 1989
7.Гром. Совершенный Ум (Наг- Хаммади, VI, 2) // Труды по знаковым системам. Вып. 23.Ученые записки Тартуского университета, вып. 855. Тарту. 1989.
8.Эллинистические утопии. В кн.: Эллинизм. Восток и Запад. М. “Наука”. 1992.
9.К вопросу о гностической тайне // Религии мира. История и современность. Ежегодник. 1989–1990. М. “Наука”. 1993.
10.Четвёртая книга “Пистис Софии”. Вступительная статья, перевод с коптского, примечания и послесловие // ВДИ. 1999. № 4; 2000. № 1.
11.Гностическая экзегеза псалмов Давида и од Соломона (“Пистис София”, гл. 29–82) // Colloquia classica et indogermanica. III. Классическая филология и индоевропейское языкознание. СПб. “Наука”. 2002.
12.Древние гностические тексты. В кн.: Апокрифы древних христиан. Перевод и исследование: И.С.Свенцицкая. М.К.Трофимова. М. “Сфера”. 2004.
13.Понятие “варвары” в коптских гностических текстах // Античная цивилизация и варвары. М. “Наука”. 2006.
14.Древний гнозис и размышления Марселя Пруста о художественном творчестве // Текст и комментарий. М. “Наука”. 2006.