Сын Уильяма Генри Перкина (старшего). Учился в химическом колледже в Саут-Кенсингтоне (1877—1880), затем в Германии у Йоханнеса Вислиценуса (1880) и Адольфа Байера (1882). Профессор университетов в Эдинбурге (с 1887), Манчестере (с 1892) и Оксфорде (с 1912).
Разработал методы синтеза полиметиленовых соединений на основе ацетоуксусного, бензоилуксусного и малонового эфиров. Работы Перкина по синтезу и исследованию алициклических соединений послужили А. Байеру основой для создания «теории напряжения» циклических систем. Изучал терпены, алкалоиды, гематоксилин и бразилин.