В 2007 году бывший сенатор США Джордж Джон Митчелл, расследовавший случаи использования допинга в бейсболе, обвинил Клеменса в использовании им анаболических стероидов в конце карьеры. Сам Клеменс перед Конгрессом клятвенно отрицал использование запрещённых препаратов.