В течение многих лет был ответственным секретарём редакции «Журнала структурной химии», работал в редколлегиях журналов «Кристаллография», «Координационная химия», «Известия Академии наук», «Химия природных соединений», «Металлоорганическая химия», «Mendeleev Communications». Был председателем Секции кристаллохимии Научного совета РАН по химической кинетике и строению, руководителем Советского (а затем Российского) национального филиала Кембриджского центра структурных данных, состоял в Экспертной коллегии ВАК и правлении Всероссийского химического общества им. Д. И. Менделеева.
Умер в США в возрасте 69 лет после операций на лёгком и на сердце в госпитале Медицинского Центра штата Южная Каролина в г. Чарлстон. Похоронен в Москве на Донском кладбище.
Под его руководством лаборатория рентгеноструктурного анализа ИНЭОС установила около трети всех отечественных кристаллических структур (в общей сложности — более 2000).
Мировую известность имеют работы Ю. Т. Стручкова и его сотрудников в области структурных исследований неклассических пи-комплексов и многоядерных кластеров переходных металлов, карборанов и других каркасных молекул, новых типов органических производных германия, кремния, фосфора, фтора, серы, мышьяка, многоядерных координационных соединений, в том числе карбоксилатов и алкоголятов, высокоэффективных природных и синтетических фармакопрепаратов.
Большую известность приобрели работы Ю. Т. Стручкова и его сотрудников в таких ключевых областях структурной химии, как прецизионные исследования метрики молекул и распределения электронной плотности, определение абсолютной конфигурации, низкотемпературные исследования нестабильных и жидких при комнатной температуре соединений, многотемпературные исследования для выяснения динамики молекул и природы фазовых переходов в кристаллах.
С 1993 года Ю. Т. Стручков занимался систематическим структурным исследованием производных фуллеренов.
Соавтор около 1000 статей.