Сын директора канцелярии. Всю жизнь (кроме студенческих лет) Мёзер прожил в своем родном Оснабрюке (в то время столице независимого княжества). Первоначально был адвокатом (при населении в 6000 человек здесь было 33 зарегистрированных адвоката), а вскоре избран ландфогтом (advocatus patriae) и синдиком рыцарства. В 1762-68 юстициарий (верховный судья) оснабрюкского уголовного суда. С 1768 тайный референдарий (тайный советник юстиции) — на этой скромно звучащей должности он был фактическим руководителем правительства. Административные способности Мёзера с блеском сказались в тяжелую для его родины эпоху Семилетней войны. В течение 20 лет, во время малолетства князя-епископа, герцога Фридриха Йоркского, Мёзер играл руководящую роль в управлении своей родины.
Мёзер основал журнал «Osnabr?ckische Intelligenzbl?tter» (выходил в 1766—1782 годах).
Он пользовался доверием своих господ и любовью сограждан.
В своих сочинениях Мёзер является наиболее ярким представителем историко-реалистического направления государственных наук того времени. Его уважение к существующему строю и его глубокая оценка прошедшего ставили его в оппозицию к течениям, господствовавшим в XVIII в. Мёзер был противником централизации и нивелировки, просвещенного деспотизма и его многовластной бюрократии. Он предпочел бы, чтобы каждый городок имел свое обособленное политическое устройство. Ядро германской нации Мёзер усматривал в крестьянстве, но отстаивал и самостоятельность свободного бюргерства. Союз свободных землевладельцев, возделывающих собственные свои земли, крепко придерживающихся прадедовских обычаев — таков его идеал, которому, по его мнению, наиболее соответствовало состояние германской общины при Карле Великом. В отдельных случаях он не против реформ, но пристрастие к стародавним обычаям и порядками было в нем так велико, что он брал под свою защиту совершенно отжившие учреждения (напр. цехи), он постоянно опасался, как бы из-за человека вообще не перестал существовать оснабрюкенец. По своим политико-экономическим воззрениям Мёзер был во многих отношениях приверженцем меркантилистов и решительным противником теорий Адама Смита. Он восставал против систематического проведения принципа разделения труда, ратовал за ограничения, рекомендовавшиеся меркантилистами в интересах мелкой промышленности, но, с другой стороны, высказывался за полную свободу хлебной торговли.
Из сочинений Мёзера также выделяются: