Тренерскую карьеру в мини-футболе начал в одесской команде «Одесса-Норд» в январе 1995 года. Той зимой одесский клуб пережил реорганизацию, попав под юрисдикцию Одесской железной дороги. В первом же сезоне работы с командой, одновременно с приходом Водяна переименованной в «Локомотив», заложил фундамент для её будущих побед.
В сезоне-1995/96 привёл одесситов к первому в их и одесского мини-футбола истории чемпионскому титулу. Это было первое чемпионство одесских игровиков в истории одесского спорта. Дополнительный матч «Локомотива» с непобедимым днепропетровским «Механизатором» за первое место вошел в число самых знаковых матчей украинского мини-футбола.
В сезоне-1996/97 значительно укрепившийся «Локомотив» сделал золотой дубль, выиграв чемпионат и Кубок страны. А весной 1997 года попробовал свои силы на международной арене, завоевав малые бронзовые медали (за 4-е место) Турнира Европейских Чемпионов в Москве.
Сезон-1997/98 должен был принести команде Водяна новые международные перспективы, но в итоге она была вынуждена просто доиграть сезон до конца, так как зимой 1998 года стало известно, что новое руководство Одесской железной дороги отказывается от финансирования сильнейшей команды страны. Вновь выиграв и чемпионат, и Кубок, состав «Локомотива» распался.
Водян получил в свое распоряжение юных исполнителей. Первая лига для обкатки молодежи была оптимальным в сложившейся ситуации вариантом. И ко второму кругу первенства страны команда научилась побеждать, демонстрируя добротное качество игры. Но и этой команде развалилась.
Следующим этапом клубной тренерской деятельности Водяна стал ныне не существующий екатеринбургский клуб «Альфа», с которым одесский специалист успел выиграть «бронзу» Кубка России. Но несмотря на очевидный прогресс, совсем скоро тренер и «Альфа» расстались.
В 2004 году Водян несколько месяцев проработал в кишиневском «Камелоте» — участнике Кубка УЕФА.
Недолгим получилось и сотрудничество Водяна с киевской «Планетой-Мост» в сезоне-2008/09. В данном случае все завершилось финансовым кризисом киевского клуба, который на первых порах демонстрировал под руководством Водяна перспективные результаты, позволявшие рассчитывать как минимум на борьбе за медали чемпионата.
С 2002 года в Одессе ежегодно проводится международный турнир на призы Валерия Водяна.
В качестве тренера одесского «Локомотива»
В качестве тренера сборной Украины по мини-футболу