Отец — Павел Васильевич Зубов (1862—1921), термохимик, нумизмат, скрипач, председатель попечительства о бедных Рогожской части, обладатель редчайших смычковых инструментов работы Страдивари, Гварнери, Руджери, Амати. Собрал ценнейшую коллекцию русских и восточных монет, а также богатейшую библиотеку по нумизматике, которые в 1900 году завещал Историческому музею в Москве.
Мать — Наталия Митрофановна, урожденная Грачева, пианистка и поэтесса, была строгой воспитательницей своих четырех детей.
Получил хорошее домашнее образование, с детства изучал иностранные языки и музыку. Крещён в храме св. Мартина Исповедника. В семье воспитывался в духе православной веры. В 1912 году, после домашнего обучения, сдал экзамен в третий класс гимназии А. Е. Флёрова, которую окончил с золотой медалью в 1918 году.
После окончания гимназии в 1918 году поступил на философское отделение Московского университета. В августе 1919 года был мобилизован в Красную Армию. По состоянию здоровья (сильная близорукость) был освобождён от строевой службы и определён писарем в 1-ю запасную артиллерийскую бригаду, расквартированную в Ходынских казармах. Направляясь со службы в Румянцевскую библиотеку, часто заходил в собор Василия Блаженного, своего небесного покровителя. В своём дневнике Василий писал
В дневнике пишет о музыке, природе, храмах и прочитанных книгах.
В мае 1920 года был демобилизован. Вскоре вернулся в Университет, где учился у таких известных учёных как Г. И. Челпанов, Г. Г. Шпет, И. А. Ильин, Каптерев Пётр Фёдорович, С. Л. Франк, И. В. Попов. Весной 1921 года философское отделение Московского университета было закрыто. Василий Зубов окончил университет в 1922 году, и в 1923 году стал сотрудником Философского отделения Государственной Академии художественных наук (ГАХН).
За время работы в ГАХН Василий Зубов сделал 15 докладов на заседаниях философского и социологического отделений по истории оптики, теории перспективы и учении о цвете, о русской и немецкой эстетике. Им были написаны статьи для словаря русской художественной и философской терминологии. В этот период Василий Зубов пишет очерк по истории русской проповеди на примере построения проповедей крупнейших русских богословов конца XVIII—XIX веков: св. Димитрия Ростовского, Митрополита Платона (Левшина), Митрополита Филарета (Дроздова), Архиепископа Иннокентия (Борисова), в котором ярко проявились философские, филологические и богословские знания автора.
В 1926 году Василий Зубов женился на Мариамне Николаевне Вадеевой. В 1931 году у них родился сын Павел и в 1939 году — дочь Мария.
В 1927—1930 годах Василий Зубов пишет семейную хронику рода Зубовых и Полежаевых на основе писем, документов, и устных семейных преданий. Хроника включает 25 глав, рассказывающих о жизни, труде и молитве русских людей разных сословий, и занимает три тетради общим объемом 752 страницы.
Интенсивно занимался изучением биографии и творческого наследия Николая Оремского. В 1958 перевёл (впервые на русский язык) и прокомментировал его «Трактат о конфигурациях качеств и движений» (Tractatus de configurationibus qualitatum et motuum).
Переводчик и комментатор архитектурных, математических, музыкально-теоретических, философских трактатов, написанных авторами античности, Средневековья и эпохи Возрождения, в том числе:
Исследования В. П. Зубова, посвящённые древнерусской духовной культуре, включают статьи о русских переводах и переработках в XVII в. сочинений Аристотеля; заметки о переведённом в X в. в Болгарии философско-богословском трактате Иоанна Дамаскина «Источник Знания», вошедшем в XVI в. в состав «Великих Четий-Миней» Митрополита Макария; статью «Вопросы о „неделимых“ и бесконечном в древнерусском памятнике XV в.» (1953); публикацию, примечания и перевод труда Кирика Новгородца (1953); статью «Епифаний Премудрый и Пахомий Серб» (ТОДРЛ. — М.; Л., 1953, т. 9, с. 145—158) и другие работы.