Клубная тренерская карьера Милутиновича не является столь выдающейся. В 1999 году, тренируя «Метростарз», он привёл этот клуб к худшему результату в истории лиги. Также он тренировал катарский клуб «Аль-Садд» и итальянский «Удинезе», игравший тогда в серии B.
Единственный в истории тренер, руководивший пятью различными командами на чемпионатах мира по футболу: сборными Мексики (1986), Коста-Рики (1990), США (1994), Нигерии (1998) и Китая (2002). Он также является единственным тренером, проходившим первый раунд чемпионата мира с четырьмя разными командами (до неудачи со сборной Китая). Ни одна из этих команд под его руководством не смогла пройти второй раунд.
16 ноября 2006 он возглавил сборную Ямайки по футболу. 9 ноября 2007 был уволен со своего поста после серии из шести поражений подряд.
Милутинович женат на мексиканке и имеет мексиканское гражданство.