Окончил курс в Санкт-Петербургском университете на историко-филологическом факультете, с 1862 по 1865 г. был секретарем консульства в Дубровнике, где при помощи богатого архива основательно изучал историю Дубровницкой республики.
Результатом этого изучения были «Очерк дипломатических сношений России с Дубровницкой республикой» (1865), статьи о югославянских землях в «Русском вестнике», «Филологических записках» и др. журналах (1866) и магистерская диссертация «Исследования об исторических памятниках и бытописателях Дубровника» (СПб., 1867).
С 1868 по 1871 г. Макушев работал в разных итальянских архивах и библиотеках и собрал огромный материал, преимущественно для истории южных славян, небольшая часть которого напечатана в «Исторических памятниках южных славян» (1-й т. в Варшаве, 2-й в Белграде), а все другое остается пока неизданным.
Остальные труды Макушева:
Вернувшись из-за границы, Макушев получил кафедру в Варшавском университете; часть его чтений по славяноведению напечатана.
Отличительные черты работ Макушева — необыкновенная критическая точность, ясность, сжатость.
Полный перечень сочинений Макушева см. в его некрологе, сост. А. Смирновым («Русский филологический вестник», 1883 г., кн. 1).