Родился 27 марта 1903 года в городе Кургане Тобольской губернии, в семье предводителя дворянства. Вскоре семья переехала из Сибири в Москву.
С детства увлекался музыкой, живописью, играл на фортепиано и сам сочинял музыкальные пьески; обладал феноменальной памятью.
Окончил гимназию «Общества педагогов и родителей в Москве» С. Ростовцева, где ещё во время учёбы занимался историческими исследованиями московской старины. С 14 лет индивидуально изучал историю древнерусского искусства под руководством видного искусствоведа Б. Н. Эдинга (умершего от тифа в 1919).
В 17 лет он уже читал лекции по истории Москвы и по рекомендации искусствоведа и историка А. В. Чаянова был принят в Общество «Старая Москва».
В годы разрухи и Гражданской войны жил с матерью, работая по совместительству в различных организациях.
В 1922, собрав единомышленников, организовал Общество изучения русской усадьбы, председателем которого он был единогласно избран.
Летом 1927 защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Проблемы и памятники, связанные с В. И. Баженовым», которая в следующем году была издана отдельной книгой.
В возрасте 24-х лет 17 сентября 1927 года Владимир Васильевич Згура трагически погиб, находясь в отпуске в Крыму (утонул в море вблизи Феодосии). Подробности его смерти так и остались неизвестны. Причиной смерти, по разным предположениям, считали сердечный приступ , либо двух-трёхбалльные отголоски разрушительных Крымских землетрясений 1927 года.
Был похоронен на Семёновском кладбище в Москве, а после его закрытия по постановлению Президиума Моссовета в 1935 — прах погребённого был перенесён на Преображенское кладбище, где близкие друзья поставили В. В. Згуре памятник (не сохранился).
За свою недолгую жизнь В. В. Згура успел издать восемь книг и опубликовать более пятидесяти статей по различным темам, оставив после себя большой архив ценных рукописных трудов.