Родился в 1880 году в еврейской семье в городе Тарногород Люблинской губернии в Польше. Ратгаузер получил высшее образование в Бернском Университете на философском факультете. В 1904—1914 гг. Ратгаузер — член умеренного крыла Российской социал-демократической рабочей партии (меньшевик), позже сочуствовал сионизму. В 1918-м году Ратгаузер вступает в ВКП(б). Жил в Воронеже на улице Студенческой в доме № 6 . С 1931-го года работал заведущим кафедры истории народов СССР, факультета истории ВГПИ.
15 февраля 1937 года Яков Абрамович арестован УНКВД Воронежской области. Он был обвинен в активном участии с 1931 года в «антисоветской право-троцкистской террористически-диверсионной вредительской организации».
10 января 1938 года выездная сессия ВКВС СССР в Воронеже приговорила его к высшей мере наказания, обвинив по статьям 58-7, 58-8, 58-11. 10 января 1938 года Яков Ратгаузер был расстрелян. Реабилитирован 25 августа 1956 года ВКВС СССР.