В ранних пятидесятых Йо Боньер стал известен благодаря своим выступлениям в гонках на льду на Alfa Romeo Disco Volante. В 1955 швед начал выступать в кольцевых гонках. Он быстро стал ведущим скандинавским пилотом, а в 1956 уже ездил на Alfa Romeo GT. Но после участия в гонке 1000 километров Нюрбургринга Боньер вступил в команду Maserati. Тогда состоялись его первые выступления в Формуле-1. В 1957-1958 Йо Боньер ездил там на Maserati 250F.
В конце 1958 сезона Йо Боньер присоединился к команде BRM и стал добиваться серьёзных успехов: четвёртое место на Гран-при Марокко, затем удачный сезон 1959 Формулы-1 с победой в Нидерландах. 1960 год для него стал не таким успешным. Однако в некоторых гонках он показывал хороший результат, а однажды мог бы выиграть, если бы не проблемы с двигателем.
Йо Боньер наладил очень хорошие отношения с Porsche и старался использовать каждую возможность ездить за Porsche. B 1960, помимо того, что выступал в чемпионате Формулы-1, Боньер выиграл Гран-при Модены и отметился на внезачётном немецком Гран-при Формулы-2 блестящей победой под дождём. Кроме того, последовали четыре (1960-1963) великолепных для Порше Targa Florio. На всех этих гонках Йо Боньер занял призовое место, а два раза (в 1960 и 1963) одержал победу. В Формуле-1 Боньер, почувствоваший, что его талант не был замечен в BRM, присоединился к Порше в 1961, и его товарищами по команде стали два американца - чемпион Фил Хилл и Дэн Герни. За два сезона (1961-1962) Боньер набрал шесть очков. Наряду с этим отлично швед смотрелся в других гоночных сериях.
Когда Porsche ушла из Формулы-1, Йо Боньер вошёл в команду Роба Уокера и проездил три сезона на шасси Brabham и Cooper. В 1967 в Формуле-1 Боньер основал собственную команду и проездил в ней до 1971. Однако это был уже не тот уровень, что прежде. За пять последних лет в Формуле-1 швед набрал лишь 6 очков.
Если в Формуле-1 лучшие времена Йо Боньера уже миновали, то в кузовных гонках он был очень силён. В 1964 Боньер стал вторым в 24 часах Ле-Мана. В 1966 вместе с Филом Хиллом выиграл 1000 километров Нюрбургринга. А В 1970, когда он приобрёл шасси Lola, "дремавший" гонщик будто бы пробудился, показав отличные результаты в европейском чемпионате в классе 2000 см .
В 1971 году Боньер провёл свой последний сезон Формулы-1. Наряду с этим он отлично выступил в других гоночных сериях: третье место в Targa Florio, второе - в Кубке Оверни, победа в гонке 1000 километров Барселоны. А в 1972, увы, всё закончилось: в 24 часах Ле-Мана 1972 года Боньер погиб в аварии.