Родился 10 марта 1936 года, разведён, имеет дочь.
В 1956 году окончил юридический факультет университета в Лозанне. Стал членом ассоциации спортивных журналистов Швейцарии. С 1948 по 1971 выступал за один из любительских швейцарских футбольных клубов. В 1962 году начал карьеру в швейцарской туристической фирме. В 1964 году стал генеральным секретарем Швейцарской хоккейной ассоциации. В 1972 году, будучи представителем фирмы Longines принял участие в подготовке Олимпийских игр в Мюнхене. Есть информация, что он был судьёй по времени во время баскетбольного финала СССР - США, и что именно он заявил о недоигранных трёх секундах. Все помнят, что это привело к поражению американцев. В 1975 году стал техническим директором ФИФА. В 1981 году утверждён на пост генерального секретаря этой организации её президентом Жоао Авеланжем. В 1998 году в борьбе за пост президента ФИФА выиграл на выборах у президента УЕФА Леннарта Юханссона. В 1999 году вошёл в состав Международного олимпийского комитета. В 2001 году его имя было в центре скандала, связанного с банкротством компании-партнёра ФИФА ISL/ISMM.
В 2010 году он оказался в центре скандала, благодаря шутке о том, что на чемпионате мира 2022 года в Катаре геям-болельщикам придётся отказаться от секса. Это высказывание вызвало волну критики и обвинений в гомофобии. В итоге Блаттер принёс извинения и заявил, что намерен требовать от властей Катара соблюдения прав человека.