Родился в городке Битча на северо-западе Словакии, был вторым из семи детей в семье. Учился в жилинской гимназии, потом в семинарии в Нитре, откуда его, как талантливого ученика, епископ послал на учёбу в Венский университет, который он закончил в 1910 году. После этого служил священником в Ошчаднице, Райце, Бановцах-над-Бебравоу. В начале Первой мировой войны был военным капелланом австро-венгерской армии.
В 1915 Йозеф Тисо стал ректором Теологической семинарии в Нитре и учителем гимназии, позже профессором теологии. В 1921—1924 был секретарём епископа. В 1924 стал деканом и священником в Бановцах-над-Бебравоу, в этой должности он оставался до 1945 года.
После образования Чехословакии, в 1918 Тисо стал членом Словацкой Народной Партии (S?S), которая с 1925 года называлась Глинкова Словацкая Народная Партия (HS?S) и которая выступала за автономию Словакии в рамках Чехословакии. В 1923 году эта партия стала крупнейшей в Словакии. Начиная с 1925 года Тисо стал членом чехословацкого парламента, а в 1927—1929 был министром здравоохранения и спорта. После смерти Андрея Глинки в 1938 Йозеф Тисо фактически стал лидером HS?S, а 1 октября 1939 стал официальным её главой.
В 1938 после оккупации Судет Германией и бегства Президента Бенеша, Словакия провозгласила автономию в рамках Чехословакии. Тисо стал 7 октября 1938 премьер-министром автономии. В январе 1939 года в Словакии были запрещены все партии кроме HS?S, Партии Немцев Словакии и Объединённой Венгерской Партии.
В феврале 1939 немецкие политики стали убеждать словацких политиков провозгласить независимость Словакии. 9 марта 1939 части чехословацкой армии, верные пражскому правительству, заняли территорию Словакии и отстранили Тисо от власти. 13 марта 1939 Гитлер принял Тисо в Берлине и фактически принудил его объявить о независимости Словакии под патронатом Третьего рейха. 14 марта 1939 словацкий парламент провозгласил независимость, а на следующий день немецкие войска оккупировали Чехию. Тисо стал премьер-министром, а 26 октября 1939 — президентом.
3 ноября 1941 г. Тисо посетил оккупированный немцами Киев. В результате неудачного покушения на Тисо был уничтожен Успенский собор Киево-Печерской лавры (Тисо покинул собор на 1 час раньше, чем рассчитывали диверсанты). Уничтожение собора советская пропаганда долгое время приписывала немцам.
Тисо пытался быть умеренным президентом и часто конфликтовал с откровенно пронемецким правительством Войтеха Туки. Тем не менее, Тисо не скрывал свои антисемитские взгляды и 15 мая 1942 года подписал закон о депортации евреев. Этот закон действовал полгода, и до 1944 года депортации не возобновлялись. За 1942 год из Словакии было депортировано 57 628 евреев; из них, согласно доступным данным, выжили лишь от 280 до 800 человек.
В апреле 1945 Тисо бежал в Баварию, где был 6 июня 1945 задержан американской армией и выдан Чехословакии. Был приговорён к повешению за государственную измену. 18 апреля 1947 приговор был приведён в исполнение.