Родился 5 декабря 1947 года в селении Рашаант сомона Гурван-Булак Булганского аймака МНР в монгольской семье. Член Монгольской народно-революционной партии (МНРП) с 1979 года. По окончании средней школы учился в сельскохозяйственном институте в Улан-Баторе.
В Монгольской народной армии с 1968 года. В 1971 году направлен на учебу в Советский Союз — в школу младших авиационных специалистов, которую окончил в 1972 году, а затем продолжил военную службу в частях МНА. В 1977 году, по окончании Военно-воздушной инженерной академии имени Н. Е. Жуковского Жугдэрдэмидийн Гуррагча служил инженером по авиационному оборудованию в отдельной авиационной эскадрилье МНА.
В 1978 году решением специальной комиссии Жугдэрдэмидийн Гуррагча был отобран одним из двух кандидатов от МНР для космического полёта по программе сотрудничества социалистических стран «Интеркосмос» и в марте того же года начал подготовку к полёту в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина. Прошёл полный курс подготовки к полётам на космических кораблях типа «Союз» и орбитальной станции (ОС) «Салют-6».
Космический полёт совершил с 22 по 30 марта 1981 года в качестве космонавта-исследователя на КК «Союз-39» (командир экипажа В. А. Джанибеков) и орбитальном научно-исследовательском комплексе ОС «Салют-6» — КК «Союз Т-4», где работал экипаж основной экспедиции в составе командира В. В. Ковалёнка и бортинженера В. П. Савиных.
По возвращении на родину первый монгольский космонавт был назначен заместителем заведующего административным отделом ЦК МНРП, проработав в этой должности до 1983 года. В 1983 году Гуррагча назначен председателем Центрального совета Общества содействию обороне МНР, в 1984 году ему присвоено воинское звание генерал-майор. В 1992—1996 годах работал президентом Союза монгольских обществ дружбы, в 1996—1997 годах — заместителем командующего войсками ПВО, в 1997—2000 годах — заместителем командующего войсками ПВО, начальником штаба войск ПВО Вооруженных сил Монголии, в правительстве Н. Энхбаяра занимал пост министра обороны Монголии (2000—2004).
В 2005—2008 годах — депутат Великого государственного хурала Монголии от МНРП. Президент национальной федерации бенди (хоккея с мячом). Живёт в Улан-Баторе. В 1996 году в рамках программы по восстановлению родовых фамилий взял себе в качестве новой родовой фамилии слово «Са?нсар» («космос»).