Аарон Хотер-Йишай родился на Украине в 1905 году, в 1913 году репатриировался в Палестину вместе с сестрой-близнецом Мирьям и 10-летним братом Реувеном. Родители Хотера-Йишая (с ещё двумя дочерьми) последовали за ним после окончания Первой мировой войны. Учился в гимназии «Герцлия» в Тель-Авиве. Во время учёбы был избран председателем Совета учеников гимназии (составив в этой должности устав учеников гимназии), затем председателем Совета учеников средних школ Тель-Авива.
В 1928 году участвовал в курсе командиров «Хаганы».
В 1929 году получил лицензию на право занятия адвокатской деятельностью. Выступал во многих судебных процессах, в первую очередь, связанных с подпольной деятельностью членов «Хаганы», поселенческой деятельностью (зачастую вызывавшей кровопролитные столкновения между еврейским и арабским населением) и незаконной еврейской иммиграцией, но также и в процессах по общеуголовным делам. В значительном количестве случаев ему удавалось добиться оправдательного приговора по делам подсудимых, среди них и тех, которым грозила смертная казнь.
Отдельные судебные процессы, а также другие случаи участия Хотера-Йишая в содействии подпольной деятельности «Хаганы» и нелегальной иммиграции евреев в Палестину, были описаны в дальнейшем в его книгах рассказов «Лишь вчера…: Адвокат „Хаганы“ рассказывает», «Рассказы правозащитника» и «Линия защиты».
Занимался также общественной деятельностью, связанной с поощрением еврейской поселенческой деятельности.
С 1923 года был членом «Батальона защитников языка», занимаясь популяризацией иврита, как разговорного еврейского языка, и в дальнейшем добиваясь введения судопроизводства на иврите в судебной системе Палестины.
В 1941 году Хотер-Йишай добровольно поступил на службу в британскую армию. Участвовал в проведении агитационных мероприятий по набору добровольцев в армию.
В июле 1943 года батальон Хотера-Йишая был переброшен в Бенгази, а осенью 1944 года — в Италию, откуда, в марте 1945 года, батальон был переведён на участок фронта около города Альфонсине (на тот момент Хотер-Йишай служил командиром штабной роты 2-го батальона).
По окончании войны батальон не был распущен, и Хотер-Йишай активно занимался образовательной деятельностью среди солдат батальона, в том числе организовывал курсы по изучению гражданских профессий.
20 июня 1945 года Хотер-Йишай с четырьмя товарищами по службе в «Еврейской бригаде» выехал из Италии с целью поиска евреев, уцелевших после Холокоста.
Несмотря на запрет британской армии на въезд еврейских солдат на территорию Германии (во избежание акций мести с их стороны), Хотеру-Йишаю удалось добиться от британского командования «Бригады» особого разрешения на выезд в Австрию, с целью, как было заявлено, поиска уцелевших родственников солдат «Бригады». Настоящей же целью поездки была попытка обнаружить евреев в «лагерях для перемещённых лиц» в американской зоне оккупации.
В поездке по лагерям Австрии и Германии Хотер-Йишай стал свидетелем тяжёлых условий содержания уцелевших еврейских узников концлагерей. Во многих случаях «лагеря для перемещённых лиц» основывались на базе тех же концлагерей. Многочисленных беженцев и бывших узников концлагерей распределяли по баракам в соответствии с гражданской принадлежностью, подчас помещая евреев вместе с отказывающимися от возвращения в родные страны нацистскими коллаборационистами. Несмотря на заявление американских властей о недопустимости насильственной репатриации, местные военные органы не раз прибегали к угрозам с целью скорейшей эвакуации лагерей, несмотря на то что евреев, возвращавшихся в родные страны, часто ожидала расправа со стороны местного населения, получившего от немецких властей их дома и имущество.
Хотер-Йишай убедил командование «Бригады» основать «Бригадный комитет благотворительности», который он и возглавил. Уже в июле 1945 года, после встреч Хотера-Йишая с представителями американской военной администрации, были значительно улучшены условия содержания евреев в «лагерях для перемещённых лиц», посредством, помимо прочего, перевода евреев в отдельные лагеря, прекращения их насильственного возвращения в страны исхода и увеличения продовольственного пайка.
До демобилизации в конце 1945 года Хотер-Йишай вёл активную деятельность среди уцелевших евреев Европы, в первую очередь координируя благотворительную и просветительскую деятельность в «лагерях для перемещённых лиц» в Австрии, Германии и Чехословакии, а также участвуя в организации сионистской деятельности на территории Западной Европы. В том числе участвовал в организации съездов активистов сионистского движения, проводил лекции на тему сионизма и британской политики «Белой книги» и встречался с европейскими общественными деятелями, одновременно способствуя деятельности по направлению нелегальной иммиграции уцелевших евреев в Палестину.
Хотер-Йишай отклонил предложение командования получить звание майора, поскольку это подразумевало его перевод в расположение части «Бригады» в Нидерландах и прекращение деятельности в лагерях.
Незаконная, с точки зрения британских властей, и не соответствующая статусу военнослужащего политическая деятельность Хотера-Йишая привела к выдаче ордера на его арест, однако попытка исполнения ордера была предпринята с опозданием, на момент, когда Хотер-Йишай уже покинул место службы и демобилизовался.
После демобилизации Хотер-Йишай вернулся в Палестину, где продолжил правозащитную деятельность, в частности, в качестве адвоката по делам, связанным с подпольной деятельностью «Хаганы».
С 1947 года участвовал в деятельности организации «Объединённый еврейский призыв».
В мае 1948 года поступил на службу в Армию обороны Израиля и был назначен интендантом формирующейся 7-й бронетанковой бригады.
17 июля 1948 года Хотер-Йишай получил от премьер-министра Израиля Давида Бен-Гуриона задание подготовить законопроект кодекса военного права, в качестве возможной альтернативы законопроекту, разрабатывавшемуся в те дни Главой службы юстиции (ивр. ??? ?????? ???????) Армии обороны Израиля и Генеральным военным обвинителем (ивр. ??????"? — ???? ?????), Авраамом Горали. Хотер-Йишай завершил работу над законопроектом и 20 августа передал его Бен-Гуриону. Предложенные Хотером-Йишаем, руководствовавшимся основами британского военного права (основанного на предоставлении значительных судебных полномочиях командному составу), и Горали, склонного к принципам континентального военного права (стремящегося к профессиональному юридическому судопроизводству), законопроекты значительно отличались друг от друга. 25 сентября Бен-Гурион провёл заседание, в результате которого было решено предпочесть законодательные принципы, предложенные Хотером-Йишаем.
В конце концов, ни один из законопроектов не был официально утверждён, однако в дальнейшем многие идеи Хотера-Йишая воплотились в поправках к Армейскому уставу судопроизводства от 1948 года, и далее — в основополагающих принципах Закона о военном судопроизводстве, принятого кнессетом в 1955 году.
После убийства посредника ООН, графа Бернадота, в Иерусалиме 17 сентября 1948 года членами группировки «Фронт Отчизны» и решения Давида Бен-Гуриона провозгласить организацию «Лехи», заподозренную в связи с убийством, террористической организацией, Хотер-Йишай был назначен чрезвычайным военным обвинителем, ответственным за принятие правовых мер против организации «Лехи». В этой должности, при исполнении который он был повышен в звании до подполковника, Хотер-Йишай вёл, помимо прочего, судебный процесс над Натаном Йелиным-Мором (Фридманом) и Маттитьяху Шмуэлевицем, обвинёнными в причастности к убийству графа Бернадота.
26 декабря 1948 года Хотер-Йишай вступил в должность Главы службы юстиции Армии обороны Израиля и Главного военного обвинителя, сменив на этом посту полковника Авраама Горали.
Сразу после вступления в должность Хотер-Йишай начал процесс преобразования Службы юстиции в Военную прокуратуру.
В соответствии с полномочиями, возложенными на него Начальником Генштаба Армии обороны Израиля 11 января 1949 года и на основе предписания Генштаба от 26 января 1949 года, Хотер-Йишай провёл обширную реформу, включившую, помимо прочего, определение статуса военного прокурора (в отличие от ранее существовавшей должности военного обвинителя), как сочетающего функции советника командования по правовым вопросам и полномочного органа в сфере уголовно-процессуального производства, определение судебных округов, назначение окружных военных прокуроров и председателей окружных военных судов и т. д.
В марте 1949 года, в должности Главного военного прокурора, Хотер-Йишай, по поручению Давида Бен-Гуриона, провёл расследование «дела Меира Тубянского» — сотрудника «Электрической компании», расстрелянного 30 июня 1948 года по приговору военно-полевого трибунала, осудившего Тубянского в государственной измене. Как показало расследование Хотера-Йишая, Тубянский был невиновен, а ответственность за несправедливый процесс над Тубянским лежала на Иссере Беэри, главе Военной разведки Израиля, отдавшего приказ о поспешном созыве военно-полевого трибунала.
В этот же период Хотер-Йишай, по поручению Начальника Генштаба армии, провёл расследование по «делу Аббы Хуши» и по «делу Али Кассема», выявив и в этих расследованиях противоправные действия со стороны Иссера Беэри.
Хотер-Йишай вышел в запас 15 декабря 1950 года. По его описанию, выход в запас был вызван конфликтом с Начальником Генштаба армии Игаэлем Ядином. Спор был изначально вызван разногласиями в вопросе определения Главного военного прокурора юридическим советником Министра безопасности, но далее разногласия перешли и на другие вопросы.
После выхода запас Хотер-Йишай вернулся к частной адвокатской практике.
В 1956 году был членом комиссии, назначенной Давидом Бен-Гурионом для расследования обстоятельств «Резни в Кафр-Кассеме».
В июне 1961 года Хотер-Йишай проходил свидетелем обвинения в процессе над Адольфом Эйхманом, дав в суде показания об увиденном им состоянии европейского еврейства в конце Второй мировой войны.
В январе 1964 года был избран на должность председателя Израильской ассоциации спорта, исполнял эту должность до декабря 1965 года.
Был членом общественной комиссии, назначенной мемориальным центром «Яд ва-Шем», по присуждению звания «Праведника мира».
В 1963—1965 годах сопровождал Давида Бен-Гуриона в получившем яркую политическую окраску «Деле Лавона».
В 1973 году переехал в киббуц Эйн-Гев на берегу Тивериадского озера.
В 70-е годы сопровождал репатриантов из Советского Союза в процессе абсорбции в Израиле.
В 1991 году опубликовал книгу «Линия защиты» о своей деятельности в качестве адвоката «Хаганы». В 1993 году, после смерти жены Рахели, занялся написанием книги «Еврейская бригада и „уцелевший остаток“», опубликованной в 1999 году.
Хотер-Йишай скончался в возрасте 98 лет, 19 мая 2003 года. Похоронен на кладбище киббуца Эйн-Гев.
Сын Хотера-Йишая, адвокат Дрор Хотер-Йишай, был главой Коллегии адвокатов Израиля с 1991 по 1999 год. Дочь Хотера-Йишая, профессор Смадар Отоленги (скончалась в августе 2003 года), была выдающейся исследовательницей арбитражного и корпорационного права.