Родился в 1624 году в городе Койданов (ныне Дзержинск), что недалеко от Минска. При рождении получил имя Аарон, однако в детстве тяжело заболел и был при смерти, по этому отец добавил ему второе имя — Шмуэль (согласно еврейской традиции, смена имени способна изменить судьбу человека). В юности учился в краковской йешиве, у рабби Йеошуа-Эшеля Харифа и рабби Яакова из Люблина. Также он учился у рабби Моше Лимы, автора книги «Хэлкат Мэхокек».
Во время восстания Хмельницкого был вынужден бежать с семьей, однако погромы настигли и его — две его дочери были убиты, а сам он остался ни с чем, да еще и инвалидом на обе ноги. Единственный его сын, который остался в живых — это рабби Цви-Гирш Кайдановер, автор книги «Кав Аяшар».
Служил раввином в моравском городе Микулов (Николсбург), затем — в Глогуве (Силезия) и в Фюрте (Бавария), а также в Бресте, Франкфурте-на-Майне и в Кракове.
Будучи в Кракове, поехал на «Ваад (совет) Четырех Стран», проходивший в Хмельнике, в котором принимали участие все раввины региона. Во время этого совета умер и там находится место его захоронения.
Рабби Шмуэль славился своей учёностью и стиль его книг, где в краткий текст было вложено много смысла, пользовался большим уважением среди мудрецов его времени, которые подчеркивали его обширные познания в Галахе и умение кратко и точно излагать свои рассуждения.
Его комментарии к Талмуду вошли в современные издания Талмуда.
Во время восстания Хмельницкого имущество рабби Шмуэля было разграбленно и часть его рукописей уничтожена. Вот список сохранившихся и изданных его книг: