В 1955 году закончила варшавскую Академию изящных искусств.
Реформатор искусства гобелена. Уже в самом начале творческого пути Абаканович уделяла внимание связи своих абстрактных текстильных композиций с архитектурной средой. В начале 70-х художница всё шире использует монохромный материал — её привлекала игра на контрастах рельефа, фактур. Один из самых любимых Абаканович приёмов в этот период — сочетание в одном произведении волокон блестящих (конский волос) и матовых (шерсть). Позднее текстиль Абаканович становится трёхмерным, иногда заполняет пространство: такой была её совместная с молодыми голландскими художниками работа для административного здания в Хертогенбосе (1972). Рядовое офисное помещение было поглощено волнами гигантской (184 м?) кулисы из чёрного сизаля.
Выставочные работы первой половины 70-х годов («Импровизация каната», «Ситуация», «Шнур, его проникновение и расположение в пространстве») — попытка, по словам художницы, связать объёмные конструкции с четвёртым измерением — временем:
Зрители могли не только обойти композицию, но и изменять её положение, двигать, играть с ней.
Прославилась в конце 1960-х годов серией «Абакан». Это масштабные композиции, выполненные в технике гобелена, но, благодаря использованию крупных, грубофактурных элементов, в том числе старых корабельных канатов, превращённые в драматическую трёхмерную скульптуру, которая имитирует поверхность земли или человеческого тела. Изображение антропоморфных объектов стало основным направлением для Абаканович.
Художница исследует связь человека с органическим миром — его рождение, развитие, распад и смерть — в противовес миру техническому, миру современной цивилизации.
Философ С. Моравский так описал впечатление от цикла «Альтерация»:
Магдалена Абаканович является автором целого ряда полуабстрактных или фигурных групп (серии «Человеческие спины», 1976 —80; «Эмбриология», 1980; «Катарсис», 1985 — 86; «Андрогины», 1985; и др.), частично выполненных в бронзе и установленных в городах США и Европы в виде монументов, впечатляющих своей сумрачной отчуждённостью.