В 1591 г. получил от Мухаммад-хана III в удел области Сарикол и Вахан. Затем ему были пожалованы Турфан и Чалыш. Однако для того чтобы получить этот удел Абд ар-Рахим-хану пришлось отвоёвывать его у своего племянника Худабанде-султана, который в 1594 г. объявил себя независимым правителем Турфанского владения. Отвоевав Турфан и Чалыш в 1596 г., Абд ар-Рахим-хан вскоре также стал вести себя как независимый от хана Мамлакат-и Моголийе правитель. Противостояние его с ханами Яркенда продолжалось все 40 лет его правления, причем союзниками его в этой борьбе являлись некоторые казахские роды, союз с которыми был скреплен брачными узами.
Основной целью Абд ар-Рахим-хана в упорной борьбе с ханами Мамлакат-и Моголийе было желание завладеть уделами Кусан, Бай и Аксу, т.е. продвинуть свои границы на запад. Бай практически постоянно находился в его руках.