Родился 4 апреля 1949 года в Турции в деревне Омерли (провинции Шанлыурфа) в крестьянской семье. В 1971—1974 годах учился на факультете политологии Анкарского университета, но обучения не закончил. В 1974 году организовал политическую группу, первоначально левого, социалистического направления, но с национальным уклоном; в 1978 году она оформилась под названием Рабочая партия Курдистана. Незадолго до военного переворота 1980 г. эмигрировал в Сирию, где организовал боевые отряды и c 1984 года начал боевые действия против Турции под лозунгом независимости Курдистана.
Вплоть до 1998 года Оджалан, пользуясь покровительством сирийских властей, жил в Дамаске; однако в октябре 1998 году президент Сирии Хафез Асад под нажимом Анкары вынужден был попросить Оджалана покинуть страну, и тот, после безуспешных попыток найти убежище в России, Италии и Греции 15 февраля 1999 году был похищен спецслужбами Турции, с помощью спецслужб США и Израиля в Кении и помещён в турецкую тюрьму на острове Имралы в Мраморном море. Осужден на казнь, которая позднее под давлением мирового сообщества была заменена на пожизненное заключение.
В ноябре 2009 года, турецкое правительство приняло решение об улучшении условий содержания Оджалана и отмене одиночного характера заключения. 17 ноября 2009 года на остров Имралы, в одиночную тюрьму строгого режима были переведены ещё 5 членов РПК, находящихся под арестом.
С 27 июля 2011 года Абдулла Оджалан лишен права встречаться со своими адвокатами.