Сторонник национально-просветительского движения джадидов. Образование получил в Турции. До революции принимал участие в движении за независимость от России, находился под наблюдением полиции.
Абдурауф Фитрат родился в 1885 году (по другим сведениям в 1886 году) в городе Бухаре.
Сначала учился в мактабе — традиционной мусульманской школе, а затем в медресе Мири Араб. После окончания медресе отправился в хадж. Потом путешествовал по Османской империи, Индии, России. В 1909—1913 годах учился в медресе в Стамбуле, где организовал общество «Бухоро таъмими (умумий) маориф».
В 1913 году вернулся в Бухару, где стал одним из лидеров движения джадидизм.
Позже он принял участие в создании правительства Бухарской народной советской республики.
В годы революции и гражданской войны был активным участником младобухарской партии, дружил с Ф. Ходжаевым. Автор программы младобухарской партии, составленной в январе 1918 года, под названием «Проект реформы в Бухаре». В ней отстаивался принцип реорганизации государственного строя эмирата по «младотурецкому» образцу путем превращения абсолютной монархии в конституционную, она намечала ряд мер по осуществлению в Бухаре буржуазных начал правосудия.
В период эмиграции в Ташкенте Фитрат вступил в ряды Бухарской коммунистической партии и входил в состав ЦК БКП, избранного на 1 съезде в июне 1919 года. После победы Бухарской революции Фитрат занимал различные должности: заведовал вакуфным управлением, избирался назиром (министром) иностранных дел (1922), просвещения (1923) и заместителем председателя Совета Труда БНСР (1923).
В июне 1923 года, снят с поста председателя СТО БНСР, официальная формулировка гласила: «За злоупотребление властью и присвоение народного добра». В дальнейшем неоднократно подвергался репрессиям как «пантюркист».
Перу Фитрата принадлежат драмы «Гробница Тимура», «Огузхан», научные произведения: «Тилимиз», «Узбек тили сарф китоби», «Узбек тили нахв китоби», «Шеър ва шоирлик», «Адабиёт коидалари» «Аруз хакида», научные трактаты посвященные «Девону луготит турк», «Мукаддимат ул-адаб», «Кутадгу билиг», «Хибат ул-хакоик». Фитрат — автор статей о жизни и творчестве Ахмада Яссави, Алишера Навои, Бабура, Мухаммада Солиха, Машраба, Умархона, Турди, Фирдоуси, Омара Хайяма, Бедила, книги об истории ислама «Мухтасар ислом тарихи», трудов по истории узбекской литературы. В его рассказах и стихах, таких как «Мунозоара» (Спор), «Рахбари нажат» (Путеводитель спасения), «Ойла» (Семья), «Баёнати саёхи хинди» (Рассказы индийского путешественника) и др. уничтожающей критике подвергалось невежество мулл, с фанатизмом выступающих против новометодных школ. В них пропагандировалось преимущество европейской системы образования, светской культуры для прогресса страны.
Последние годы жизни Фитрат занимался научной деятельностью. Он обнаружил в библиотеке бухарского эмира четырехъязычный арабско-персидско-тюркско-монгольский словарь Мукаддимат ал-Адаб, составленный в Средней Азии, как определил Н. Н. Поппе, в XIV веке. Собрал ценнейшую коллекцию старинных восточных рукописей, которая в 1934 году поступила в Государственную публичную библиотеку в г. Ташкенте.
В 1937 году был арестован органами НКВД.
Расстрелян в 1938 на Коммунарке.
В 1962 году был посмертно реабилитирован.