Внук организатора старейшей исламской организации страны Нахдатул Улама (1926) и сын ее лидера и бывшего министра по делам религии в правительстве Сукарно.
Окончил школу в Джокьякарте, учился в университете аль-Азхар (Каир, 1964—66), окончил Багдадский университет (1970). Был деканом теологического факультета университета Хашим Ашари (1972—74),
В 1971 г. вернулся на родину. Начал карьеру как журналист и преподаватель в мусульманских учебных заведениях. директор религиозной школы в Джомбанге (1974—78).
В 1972—1974 гг. — декан теологического факультета университета Хашим Ашари.
В 1974—1979 гг. — директор религиозной школы в Джомбанге.
С 1978 г. первый секретарь, а с 1984 г. — председатель Нахдатул Улама, крупнейшей мусульманской буржуазной партии Индонезии.
В начале 1990-х гг. его отношения с президентом Сухарто заметно ухудшились. В 1994 г., несмотря на сопротивление Сухарто, он был переизбран председателем Нахдатул Улама.
После финансового кризиса 1997 г. Сухарто начал терять контроль над ситуацией в стране, что привело к его отставке в 1998 г. В этом же году Вахид основал и возглавил исламскую Партию национального пробуждения.
В 1999 г. избран президентом Индонезии. На этом посту ему не удалось переломить в лучшую сторону экономическую ситуацию, он лишь восстановил против себя самые различные политические и религиозные группировки, включая высокопоставленных военных. Парламент Индонезии единогласно проголосовал за импичмент президента Вахида, его попытки остаться у власти не получили поддержки населения страны.