Родился 8 марта 1939 г. в лезгинском селении Алкадар Касумкентского района (ныне село Сулейман-Стальского района) Дагестанской АССР. Отец — Гусейнов Абдулкерим (1884—1979) происходил из духовного сословия и был учителем начальных классов, родословная отца известна в пяти поколениях, мать — Рабият (1900—1997) из селения Ичин той же округи происходила из семьи зажиточных крестьян и была домохозяйкой.
С 1946 по 1956 гг. учился в десятилетней средней общеобразовательной школе в города Избербаш (Дагестан). В 1956 г. поступил на философский факультет МГУ имени М. В. Ломоносова, который окончил в 1961 году с получением квалификации «Философия. Преподаватель философии и основ марксизма-ленинизма».
В те годы на факультете работали и оказывали большое влияние на студентов профессора В. Ф. Асмус, Т. И. Ойзерман (история философии), Д. И. Чесноков (исторический материализм), доценты П. Я. Гальперин (психология), Е. К. Войшвилло (логика), А. Н. Ацаркин (история КПСС). Общественная и научная активность в студенчестве протекала в привычных для тех лет формах; единственной студенческой публикацией был совместный с необычайно талантливым, но к сожалению рано умершим другом — сокурсником Г. Солгаловым обзор молодежной конференции по философским вопросам физики (Философские науки", № 3 за 1961 г.).
1961—1964 гг. — учёба в аспирантуре философского факультета МГУ по кафедре этики, с 1965 по 1970 гг. — преподаватель кафедры философии гуманитарных факультетов. Осенью 1970 года ездил на 10-месячную научную стажировку в Берлинский Университет им. Гумбольдтов. С 1970 по 1987 гг. — преподаватель кафедры этики философского факультета МГУ, с 1987 по настоящее время — заведующий сектором этики, отделом социальной философии, заместитель директора (с 1994 г.) Института философии РАН, с 1996 г. по настоящее время — заведующий кафедрой (по совместительству) этики философского факультета МГУ. В качестве приглашенного профессора читал курсы лекций в Университете Гумбольдта (Берлин), Карловы Вары (Прага), Новгородском имени Ярослава Мудрого, Рижском и ряде других университетов.
В 2006 году А. А. Гусейнов был избран директором Института философии РАН, сменив на этой должности академика РАН В. С. Стёпина
В 1964 г. получил степень кандидата философских наук за диссертацию «Условия происхождения нравственности», в 1977 г. — доктора философских наук за диссертацию «Социальная природа нравственности». С 1970 г. — доцент по кафедре философии, 1982 г. — профессор по кафедре этики, в 2003 г. — избран действительным членом Российской академии наук. Читал общие курсы философии, этики, а также специальные курсы «Западно-европейская этика», «Античная этика», «Этика Аристотеля», «Свобода воли и ответственность», «Этика Канта», «Великие моралисты». Библиография его трудов включает более 200 названий, в том числе 11 монографий, ряд учебников.
Основной результат кандидатской диссертации — идея стадиального происхождения нравственности в процессе обособления индивида от первичной общины в качестве личности. В книге «Золотое правило нравственности» (вышла в трех изданиях в 1979, 1982, 1988 гг., переведена на болгарский, испанский, немецкий, словацкий языки), показана негативно-преемственная (дающая новое качество) связь золотого правила с талионом; книга явилась первым отечественным исследованием золотого правила, привлекла общественное внимание к этому важнейшему общечеловеческому нравственному феномену.
В работах «Введение в этику» (1985) и «Краткая история этики» (1987, совместно с Г. Иррлитцем, переведена на китайский, сербский языки) предложена оригинальная схема систематизации западно-европейской этики, рассматривающая её античный этап как учение о добродетелях, средневековый этап — учение о благах, новое время — синтез того и другого.
Труд «Великие моралисты» (1995) обобщил начатые А. А. Гусейновым с 1988 года исследования в области этики ненасилия, показал принципиальную невозможность обоснования насилия с помощью моральных аргументов. Разрабатывает этическую теорию, исходящую из того, что специфика морали связана с модальностью сослагательного наклонения, моральные мотивы образуют особый (вторичный, сверхмотивационный) уровень субъективной детерминации поступков, безусловность морали приобретает практическую действенность в форме запретов (см. «Сослагательное наклонение морали», «Об идее абсолютной морали» // « Вопросы философии» № 5 за 2001 г., № 3 за 2003 г.). В работе «Античная этика» (2003) становление этики как самостоятельной философской науки, увязано с выявлением морального пафоса становления и развития философии в целом.
Общественная деятельность А. А. Гусейнова является продолжением профессиональной деятельности. Он — инициатор и ответственный редактор ежегодника «Этическая мысль», «Библиотеки этической мысли», изданий трудов И. Канта, М. Оссовской, А. Швейцера, А. Шопенгауэра. Ведет публицистическую и научно — популярную работу, соответствующие материалы собраны в сборниках «Язык и совесть» (1996), «Философия, мораль, политика» (2002). Является членом Президиума Российского Философского общества, редколлегии журналов «Вопросы философии», «Философские науки», ряда научных советов. В 1964 году вступил в КПСС.