В годы перестройки был cоветником генерального секретаря ЦК КПСС М. С. Горбачева по вопросам экономики.
Окончил Московский государственный экономический институт (1955). Член КПСС (с 1956 г.). Работал в Государственном комитете Совета Министров СССР по вопросам труда и заработной платы (1956—1961). В 1961 году стал сотрудником Института экономики и организации промышленного производства Сибирского отделения Академии наук (ИЭОПП СО АН СССР), спустя два года получил степень доктора экономических наук, ещё через год — звание член-корреспондента АН СССР, а в 1964 г. в возрасте 32 лет стал директором ИЭОПП СО РАН и оставался в этой должности до 1984 г. Затем академик-секретарь Отделения экономики АН СССР. Являлся председателем бюро секции пропаганды экономических знаний при правлении Всесоюзного общества "Знание". Являлся главным редактором журнала «ЭКО», членом редколлегии журнала «Наука и жизнь». Был ректором АНХ при Правительстве РФ (1989—2002), а позже заведующим кафедрой «Экономическая теория и политика» АНХ при Правительстве РФ (с 2002 г.).
Иностранный член Болгарской (1986) и Венгерской Академий наук (1988), член-корреспондент Британской академии (1988), почетный профессор Санкт-Петербургской академии управления и экономики. Член академического совета Академии РФЦА. Награждён медалью им. Леонтьева (2004).
В ноябре 1987 году во время приема, устроенного в его честь Армянским институтом Франции и Ассоциацией армянских ветеранов, высказался:
Заявления Аганбегяна, занимашего в то время пост советника Михаила Горбачева, противоречили позиции центральных властей в этом конфликте.
Председатель Совета директоров совместного британско-российского предприятия «Линк», председатель Совета банка «Зенит», инициатор стройки делового центра «Зенит» в Москве, ставшего одним из самых известных «долгостроев» города. Строительство бизнес-центра было прекращено после выявления фактов широкомасштабной коррупции в связи с получением строительных контрактов.
Сын Рубен (род. 1972) - председатель биржи ММВБ-РТС, возникшей от слияния Московской межбанковской валютной биржи и Фондовой биржи РТС.