Родился в Силезии в семье инспектора металлургического завода. В 1775 году возглавил кафедру минералогии Фрайбургской горной школы. Впервые высказал идею, что минералы содержатся в земле не беспорядочно, а образуют горные породы или геологические пласты. Знаменитым учеником Вернера был Александр фон Гумбольдт
Ошибочно полагал, что первичные горные породы (базальт) образованы действием вод первобытного океана, тогда как вулканическая активность приписывалась им горению каменного угля