В периоды с 1877 по 1883 и с 1886 по 1888 г. обучался в Московском училище живописи, ваяния и зодчества под руководством В. Г. Перова, В. Д. Поленова, И. М. Прянишникова, А. К. Саврасова и В. Е. Маковского. Кроме того, с 1884 по 1886 г. учился в петербургской Академии художеств (мастерская Б. П. Виллевальде).
В 1887 г. за картину «Посещение больной» Архипов получил в МУЖВЗ большую серебряную медаль и звание классного художника.
В 1891 г. Архипов стал членом Товарищества передвижных художественных выставок.
В 1896 и 1912 г. художник посещал Францию, Германию и Италию.
С 1894 г. Архипов возглавлял натурный класс МУЖВЗ (по 1918).
В 1898 г. он получил звание академика (действительный член Академии художеств).
В 1904 г. он стал одним из основателей «Союза русских художников».
С 1912 часто выезжал на русский Север.
После Октябрьской революции принял участие в реорганизации училища, в 1918—1920 г. преподавал в ГСХМ, а в 1922—1924 г. — во Вхутемасе.
1924 — член Ассоциации художников революционной России.
1927 — народный художник РСФСР.
Архипов умер в Москве 25 сентября 1930. Он не был женат и не имел детей, однако, художественные традиции семьи продолжила его внучатая племянница Алла Бедина.
Работы А.Е. Архипова пользуются популярностью в аукционных домах Кристис и Сотбис.