Отец Абу-л Фазла, шейх Мубарак Нагори (1505 — 1593), был видным деятелем суфийского братства чиштийа и известным учёным, испытавшим гонения со стороны наследников Шер-шаха и нашедшим убежище при дворе Акбара. Абу-л Фазл вместе с отцом участвовал в проводимых императором религиозных диспутах и немало способствовал провозглашению политики веротерпимости. Вслед за старшим братом посвящал себя поэзии и филологии, был представлен ко двору в 1574 году в первую очередь как учёный и поэт, уже вскоре возглавил придворную канцелярию. Акбар высоко ценил Абу-л Фазла, доверяя ему дипломатические поручения, а затем и такие ответственные государственные должности, как пост главы финансового ведомства и первого советника правителя. Во время войн в Деккане Абу-л Фазл командовал могольскими войсками.
Пользуясь имевшимся в его распоряжении огромным количеством архивных документов, Абу-л Фазл смог реализовать грандиозный замысел — «Акбар-наме», биографию монарха с подробным описанием его деяний и владений. Незавершённую поэму с таким названием оставил после себя Фейзи, и Абу-л Фазл частично использовал труд старшего брата; непосредственным образцом ему также служила «Бабур-наме», автобиография основателя могольской империи Бабура.
Абу-л Фазл погиб 12 августа 1602 года, попав в засаду, организованную раджпутским раджой Бир Сингхом Бундела по приказу принца Салима — будущего императора Джахангира, которому была отослана голова убитого. Тем не менее, сын Абу-л Фазла был в правление Джахангира назначен наместником Бихара.