Родился в Севилье в 1076 году (в 468 году по Хиджре). В 1092 году вместе с отцом отправился на восток. Некоторое время учился в Дамаске и в Багдаде. В 1096 году совершил хадж. После хаджа вернулся в Багдад, где продолжал учиться. Среди его учителей в Багдаде был Абу Хамид Аль-Газали.
Позже Ибн аль-Араби отправился вместе с отцом в Египет. После смерти отца в 1100 году он вернулся в Севилью, где некоторое время служил судьей-кади. Оставив службу, он посвятил себя преподаванию и написанию трудов на различные темы (в том числе, по фикху, хадисам, литературе-адаб, Корану, грамматике и истории). Многие из его трудов не сохранились до наших дней (из сохранившихся, в частности, комментарий на сборник хадисов Тирмизи () — «Арида аль-Ахвази»).
Когда в Севилье пришла к власти династия Альмохадов, Абу Бакр Ибн аль-Араби был отправлен в Марракеш, где в дальнейшем находился в заключении около года.
Умер по дороге из Марракеша в Фес в 1148 году (543 году по Хиджре). Похоронен в Фесе.
Как пишет Ибн Хальдун в своём труде «Мукаддима», кади Абу Бакр ибн аль-Араби «склонялся к тому, что надо сначала изучать язык, а не Коран, который учат наизусть, не понимая».
Франц Роузентал приводит слова Ибн аль-Араби из «Арида аль-Ахвази», в которых говорится о том, что есть знание: «Знание есть слишком ясная концепция, чтобы требовать объяснения, но еретики-новаторы возжелали усложнить понимание термина „знание“, как и других религиозных и рациональных понятий, так как их цель — увести людей в сторону и ввергнуть их в заблуждение, будто бы не существует концепции (maana), которая может быть познана. Однако это беспочвенные претензии и софистика».