Родился в еврейской семье, сын коммуниста, а впоследствии оппозиционера Осии Шехтера и историка Хелены Михник. С ранних лет активный участник харцерского движения.
В 1961—1962 годах входил в известный дискуссионный «Клуб кривого колеса», через который прошли многие представители будущей политической оппозиции, в 1962 году основал собственный неформальный Клуб искателей противоречий. В 1964 году поступил на исторический факультет Варшавского университета, неоднократно подвергался взысканиям, в 1968 году, в период острого политического кризиса, был арестован и приговорен к трем годам тюремного заключения, освобожден по амнистии в 1969 году (студенческие демонстрации протеста против исключения Михника из Варшавского университета дали начало мартовским волнениям 1968 года, которые были подавлены властями, что переросло в кампанию государственного антисемитизма, повлекшую за собой массовую эмиграцию евреев из страны). Начал публиковаться как журналист (под псевдонимами). Получил «волчий билет» и не мог продолжать учёбу, однако в 1975 году закончил экстерном исторический факультет в Университете Адама Мицкевича в Познани.
Числился личным секретарем известного поэта Антония Слонимского. В 1976—1977 годах жил в Париже. Вернувшись, примкнул к только что созданному оппозицией Комитету защиты рабочих, выступил одним из организаторов подпольного университета гуманитарных и социальных наук («передвижной университет» — давняя традиция польских оппозиционеров с начала 1880-х годов), был редактором ряда оппозиционных печатных изданий — «Информационный бюллетень», «Критика», одним из руководителей подпольного издательства.
В 1980—1989 годах — советник мазовецкого отделения движения Солидарность. Интернирован после введения военного положения в декабре 1981 г. и находился в заключении до 1984 года, в 1985 году арестован вновь, осуждён на три года тюрьмы, в следующем году освобожден по амнистии.
С 1988 года — член неформального координационного комитета, который возглавил Лех Валенса, член Комитета граждан, в 1989 году — участник серии собеседований правительства и оппозиции («Круглого стола») о проведении свободных выборов, в 1989—1991 годах — депутат новоизбранного Сейма. В 1989 году создал ежедневную «Газету Выборчу», стал главным редактором этого популярного и авторитетного издания, в котором выступил оппонентом Валенсы, поддержал программу шоковой терапии Лешека Бальцеровича. В 2002 году Михник опубликовал разоблачительные материалы о коррупции в высших органах власти Польши, чем спровоцировал крупный политический скандал («дело Рывина»).
В 2000-х годах печатается за рубежом («Шпигель», «Монд», «Вашингтон Пост»), читает лекции в Принстонском университете. Активно поддержал Оранжевую революцию на Украине. С 2004 года по болезни отошёл от непосредственного руководства «Газетой Выборчей», 8 мая 2007 года, по сообщениям прессы, намеревался сложить с себя полномочия главного редактора.
Член Союза польских писателей, Совета по международным отношениям (США). Почётный доктор Миннесотского и Мичиганского университетов, Новой школы социальных исследований в Нью-Йорке, почётный профессор Киево-Могилянской академии. Лауреат премии «За свободу» французского ПЕН-клуба (1988), премии Союза европейских журналистов (1995), международной премии Эразмус (Нидерланды, 2001), Кавалер французского Ордена Почётного легиона, офицер венгерского ордена Заслуг, командор ордена За заслуги перед ФРГ, чилийского ордена Бернардо О`Хиггинса и многих других наград в разных странах. По списку британской газеты англ. Financial Times (май 2006), один из 20-ти наиболее влиятельных журналистов мира.