Афанасий Павлантьевич Белобородов родился 18 (31) января 1903 года в деревне Акинино-Баклаши Иркутской губернии (ныне село Баклаши Шелеховского района Иркутской области), в крестьянской семье. В 1919—1920 годах воевал в партизанском отряде на Дальнем Востоке. Начал служить в РККА в 1923 году. Окончил пехотную школу в 1926 году, затем Военно-политические курсы в 1929 году и Военную академию им. Фрунзе в 1936 году. Участвовал в боях на КВЖД в 1929 году. Член ВКП(б) с 1926 года.
В начале Великой Отечественной войны с октября 1941 года командовал 78-й (с 26 ноября 1941 года — 9-й гвардейской) стрелковой дивизией, которая отличилась в битве за Москву. С октября 1942 года был командиром стрелкового корпуса, а с мая 1944 года командовал 43-й армией, которая участвовала в Белорусской операции, в частности, в операции «Багратион» в июне 1944 года, в результате которой был освобождён Витебск. Во главе этой же армии участвовал в освобождении Литвы и в Восточно-Прусской операции. В период войны против империалистической Японии в августе 1945 года командовал 1-й Краснознамённой армией.
После войны с 1946 по 1953 год командующий армией, затем работал начальником курсов «Выстрел», с 1955 года командовал войсками Воронежского военного округа, а в 1957 году был назначен начальником Главного управления кадров Министерства обороны СССР. С 1963 года являлся командующим войсками Московского военного округа. С 1968 года — инспектор-советник Группы генеральных инспекторов Министерства обороны СССР. Член ЦК КПСС с 1966 по 1971 года. Избирался депутатом Верховного Совета СССР 3-го и 7-го созывов. Почётный гражданин Витебска.
Афанасий Павлантьевич Белобородов скончался 1 сентября 1990 года. Похоронен на Мемориальном воинском кладбище «Снегири».