Афонсу родился в Коимбре 23 апреля 1185 года. Вступил на престол в 1212 году.
У Афонсу II был несколько иной, нежели у его предшественников, подход к управлению государством. Саншу I, его отца, и Афонсу I, его деда, наиболее интересовали военные походы как против соседней Кастилии, так и против мавров на юге. Афонсу II не поддерживал эту политику расширения территории и сумел добиться мира с Кастилией в период своего правления. Несмотря на это, некоторые города, такие как Алкасер-ду-Сал в 1217 году, были отвоёваны у мавров по инициативе знати.
Первые годы его правления были отмечены внутренними разногласиями между Афонсу II и его братьями и сёстрами. Король сумел сохранить португальские границы, только изгнав и объявив вне закона своих родственников.
Поскольку военные походы не были приоритетом государственной политики, у Афонсу II была возможность основать государственный аппарат и централизовать власть в собственных руках. Он разработал первый письменный свод португальских законов. В основном они касались частной собственности, гражданского правосудия и денежного обращения. Афонсу II также направил послов в европейские королевства вне Пиренейского полуострова и установил с большинством из них торговые отношения.
Другие реформы включали тонкий вопрос отношений с Папой. Его дед, Афонсу I, чтобы получить признание независимости Португалии Папским престолом, предоставил Церкви непомерные привилегии. Последние, в конечном итоге, привели к образованию государства в государстве. С позиций Португалии, как прочно установленного независимого королевства, Афонсу II приложил усилия для ослабления власти духовенства и перенаправления огромных доходов Католической церкви на нужды государства. Эти действия привели к серьёзному дипломатическому конфликту между Папой и Португалией. После отлучения Папой Гонорием III от церкви за дерзость, Афонсу II пообещал церкви возмещения долгов, но умер в 1223 году в Коимбре, не успев предпринять никаких шагов к исполнению данного обещания.