Поскольку Афонсу был вторым сыном, он не воспитывался как наследник престола, и никто не ожидал его восхождения на трон, который был предназначен Саншу. Жил Афонсу в основном во Франции, где женился на богатой наследнице Матильде в 1238 году, и стал таким образом графом Булонским.
В 1246 году конфликт между церковью и его старшим братом стал невыносим, и папа римский Иннокентий IV приказал сместить Саншу, заменив его графом Булонским. Афонсу, конечно, не мог противиться велению папы и направился в Португалию. Поскольку Саншу не был популярным монархом, выполнить приказ не составляло большого труда. Саншу был изгнан в Кастилию, и Афонсу III стал королём в 1247 году. Для вступления на престол ему пришлось отречься от титула графа Булонского и развестись с Матильдой.
Решив не повторять ошибок брата, Афонсу уделял пристальное внимание состоянию дел, мнениям и жалобам средних торговцев и мелких землевладельцев. В 1254 году в городе Лейрии Афонсу III собирает первый Кортес (Cortes), королевскую генеральную ассамблею, куда входят знать, среднее купечество и представители всех муниципалитетов. Он также издаёт свод законов, ограничивающих возможность притеснений высшей знатью менее привилегированного населения. Вошедший в историю как выдающийся администратор, Афонсу III основал несколько городов и даровал хартии городов многим существовавшим поселениям, а также реорганизовал аппарат государственного управления.
Утвердившись на троне, Афонсу III продолжил войну с мусульманскими сообществами, все ещё буйно разраставшимися на юге. В его правление Алгарве стала частью королевства, вслед за захватом Фару, и Португалия стала, таким образом, первым иберийским королевством, завершившим Реконкисту.
Завершив успешно войну с маврами, Афонсу III должен был ещё разрешить трудную политическую ситуацию на границе с Кастилией. Соседнее королевство рассматривало Алгарве как зону своих интересов, а не часть Португалии. Эта ситуация также привела к серии войн между странами. В конечном итоге в 1267 году в Бадахосе было подписано соглашение о южных границах между Кастилией и Португалией, определяемых рекой Гвадиана.